ensin selitän, miksi nämä kaksi bakteerityyppiä on nimetty sellaisiksi kuin ne ovat. Alun perin bakteerit nähtiin yhtenä eliöiden pääryhmänä. Toinen eliöiden pääryhmä ovat eukaryootit, joihin kuuluvat kaikki eläimet, kasvit, sienet ja kaikki yksisoluiset eliöt, joilla on Tuma. Mutta kun Carl Woese tutki heidän käännöskoneistoaan, hän havaitsi, että yhdellä bakteeriryhmällä, jota hän kutsui ”archaebacteriaksi”, on käännösjärjestelmä, joka on enemmän sukua eukaryoottiselle käännösjärjestelmälle kuin muilla bakteereilla. Tämän jälkeen oli luonnollista kutsua muita bakteereja, joiden hän oletti olevan vähemmän sukua eukaryooteille, ”oikeiksi bakteereiksi”. Hän otti käyttöön myös toisen nimen kolmelle ryhmälle, joita hän kutsui ”domaineiksi”: Arkaia, bakteerit ja Eukarya.
arvioidaksemme sitä, mikä on enemmän tai vähemmän primitiivistä, eli sitä, mikä ilmestyi ensin, meidän tulisi tarkastella eri järjestelmien, kuten genetiikan, rakennetta esimerkiksi käännösjärjestelmässä ja aineenvaihdunnassa. Meidän pitäisi sitten yhdistää tämä teorioihin solujärjestelmien alkuperästä. Kuten Woese havaitsi, käännöslaitteiston genetiikka osoitti, että archaebacterialla on kehittyneempi käännösjärjestelmä. Tämän pitäisi osoittaa, että ne ovat uudempia kuin muut bakteerit. Mutta Woese käynnisti oman” progenote ” – teoriansa solujärjestelmien synnystä, jossa hän päätteli kaikkien kolmen muodon syntyneen samanaikaisesti, ”kiteytymisprosessin”kautta.
kun tarkastelemme näiden kahden bakteerityypin aineenvaihduntaa, näemme, että monilla eubakteereilla on paljon kehittyneempi järjestelmä. Ne ovat sopeutuneet Happeen tavalla, joka käyttää sitä energiantuotantoonsa paljolti samalla tavalla kuin eukaryootit, käyttäen mitokondrioitaan, tai ne ovat sopeutuneet äärimmäisen vaikeaan tapaan saavuttaa vety nykyaikaisessa, oksisessa maailmassa. Ne käyttävät auringonvaloa ja irrottavat vetyä vedestä, aivan kuten kasvit käyttävät kloroplasteja.
voidaan siis sanoa, että jotkin eubakteerit osoittavat sopeutumista nykyoloihin. Mutta se ei tarkoita eubacteria yleensä ovat vähemmän primitiivinen. On olemassa paljon anaerobisia eubakteereita, jotka käyttävät paljon alkeellisempaa, fermentoivaa aineenvaihduntaa. Voimme siis päätellä, että eubakteerit ovat alkeellisempia kuin archaebakteerit, jotka käyttävät kehittyneempää aineenvaihduntajärjestelmää. Archaebacteria saavuttaa tyypillisesti energiaa pelkistämällä hiilidioksidia metaaniksi. Tämä prosessi on mahdollista, kun vapaata vetyä on saatavilla. Nämä eliöt ovat siis velvoitettuja anaerobeja, mutta niillä on silti kehittyneempi aineenvaihdunta kuin fermentoituvalla eubakteerilla.
harhaluulo, että eubakteerit ovat yleensä uudempia kuin arkaabakteerit, on peräisin yhdestä yleisestä eukaryoottien alkuperää koskevasta teoriasta. Endosymbioositeoriassa eukaryootin ytimen oletetaan olevan archaebacterium, joka on kehittynyt äärimmäisen nopeasti eukaryootin äärimmäisen monimutkaiseksi kontrolloivaksi elimeksi. Organellien, tai tarkemmin sanottuna kahden organelleista oletetaan olevan eubakteereita, jotka ovat tulleet alkeelliseen eukaryoottiin, jotta ne saisivat paljon tehokkaamman aineenvaihdunnan nykyaikaisessa, oksisessa maailmassa. Endosymbioositeoriassa on kuitenkin paljon ongelmia (joita ei ole OET: ssa), ja se on varmasti epätosi. Joka tapauksessa se ei anna mitään selitystä bakteerien alkuperästä. Organellien Pakoteoria selittää, miten bakteerit saivat alkunsa, ja se selittää myös kaikkien organellien alkuperän. Eukaryoottien Laajenemisteoria antaa paljon paremman selityksen eukaryoottien synnylle RNA-maailmasta.