Johanneksen evankeliumi erottuu laajalti kolmesta ensimmäisestä evankeliumista, Matteuksesta, Markuksesta ja Luukkaasta. Nämä kolme evankeliumia, joita kutsutaan synoptisiksi evankeliumeiksi, ovat hyvin samanlaisia kuin Johanneksen evankeliumi. Johanneksen aiheet erottuvat muista Varhaiskristillisistä kirjoituksista. Johannes sanoo, että Jeesus on Jumalan sana, jota ei löydy mistään muusta evankeliumista, ja kutsuu häntä kaikkeuden luojaksi. Suurin osa Johanneksesta löydetyistä tarinoista on ainutkertaisia Johannekselle, eikä niitä voi löytää mistään muualta. Johanneksessa kerrotut sanat ja teot esiintyvät vain Johanneksessa. Esimerkiksi kertomus siitä, kuinka Jeesus muutti veden viiniksi, esiintyy vain Johanneksen evankeliumissa Jeesuksen herättäessä Lasaruksen kuolleista. Pitkät puheet ja dialogi, mukaan lukien dialogi Nikodemoksen kanssa, ovat Johannekselle ainutlaatuisia. Johanneksessa ei ole yhtä paljon ihmeitä, mutta ne, jotka siinä ovat, ovat paljon näyttävämpiä kuin missään muussa evankeliumissa. Ei ole myöskään mitään messiaanista salaisuutta. Jeesus ei kätke kykyjään. Hän haluaa näyttää, kuka on.
Johannes kuvaa Jeesusta ”jumalana, joka harppoo yli maan pinnan.”Hän tekee tämän korostamalla jumalallisia ominaisuuksiaan, jotka voidaan nähdä monissa evankeliumien kertomuksissa. Johannes kuvaa Jeesuksen suhdetta Juudakseen hyvin eri tavalla kuin Markuksen evankeliumissa. Johanneksen evankeliumissa Jeesus ja hänen opetuslapsensa menevät puutarhaan rukoilemaan ja Juudas tiesi paikan. Jeesus tiesi, mitä tapahtuisi. Johanneksen evankeliumissa Jeesuksen kuvataan hyväksyvän kohtalonsa paljon paremmin kuin Markuksen evankeliumissa. Markuksen evankeliumissa Jeesuksen kuvataan olleen ahdistunut ja kiihtynyt. Hän oli syvästi murheissaan siitä, mitä oli tapahtumassa. Kun opetuslapset nukahtivat Jeesuksen rukoillessa, Jeesus suuttui heille. Hän on paljon vähemmän ymmärtäväinen Markuksen evankeliumissa. Seuraava osa on Jeesuksen marssi kuolinpaikkaansa. Johanneksen evankeliumissa Jeesus kantoi ristin yksin Golgatalle, mutta Markuksen evankeliumissa Jeesus sai apua Simon Kyreneläiseltä. Seuraava osa on Jeesus ristillä. Johanneksessa Jeesus sanoo sen olevan valmis ja painaa päänsä ja kuolee. Markuksessa Jeesus huutaa ” Jumalani, Jumalani, miksi olet hylännyt minut.”Jeesus ei hyväksy kohtaloaan Markuksessa niin kuin hän hyväksyy Johanneksen. Viimeinen osa, jota katsoin, on tyhjä hauta. Johanneksessa, kun Maria Magadalene, Simon Pietari ja rakastettu opetuslapsi löytävät tyhjän haudan, siinä paikassa, jossa Jeesus oli, istui kulmia, eivätkä he pelänneet näkemäänsä. Markuksessa Maria Magadalene, Jaakobin Maria-äiti ja Salome löytävät tyhjän haudan. He eivät kertoneet kenellekään näkemästään, koska pelkäsivät.
Johnin versio mukailee tarkemmin antiikin elämäkerran lajityyppiä, koska antiikin elämäkerran täytyy sisältää osa kuolemasta ja tuonpuoleisesta elämästä. Johanneksessa ne, jotka löytävät Jeesuksen tyhjän haudan ja joilta Jeesus näyttää, eivät pelkää häntä niin kuin Markuksessa. Olisi paljon vaikeampaa saada ihmiset vakuuttuneiksi Jeesuksen ylösnousemuksesta, jos ne, jotka näkivät hänet, pelkäisivät.