fenntarthatóság hosszú távon. A környezetben megfigyelt számos változás hosszú távú, az idő múlásával lassan következik be. A biogazdálkodás figyelembe veszi a mezőgazdasági beavatkozások közép-és hosszú távú hatását az agrár-ökoszisztémára. Célja az élelmiszerek előállítása, miközben ökológiai egyensúlyt teremt a talaj termékenységének vagy a kártevők problémáinak megelőzése érdekében. Az ökológiai mezőgazdaság proaktív megközelítést alkalmaz, szemben a problémák kezelésével azok megjelenése után.
talaj. A talajépítési gyakorlatok, például a vetésforgók, a kultúrák közötti termesztés, a szimbiotikus asszociációk, a takarónövények, a szerves trágyák és a minimális talajművelés központi szerepet játszanak az ökológiai gyakorlatokban. Ezek ösztönzik a talaj faunáját és flóráját, javítják a talajképződést és a talajszerkezetet, és stabilabb rendszereket hoznak létre. A tápanyag-és energiaciklus viszont növekszik, és a talaj tápanyag-és vízmegtartó képessége javul, kompenzálva az ásványi műtrágyák használatának hiányát. Az ilyen kezelési technikák fontos szerepet játszanak a talajerózió elleni védekezésben is. Csökken a talaj eróziós erőknek való kitettségének időtartama, nő a talaj biodiverzitása és csökken a tápanyagveszteség, ami hozzájárul a talaj termelékenységének fenntartásához és fokozásához. A tápanyagok növényi exportját általában a mezőgazdasági üzemekből származó megújuló erőforrások kompenzálják, de néha szükség van a szerves talajok külső forrásokból származó káliummal, foszfáttal, kalciummal, magnéziummal és nyomelemekkel történő kiegészítésére.
víz. Számos mezőgazdasági területen a felszín alatti vizek szennyezése szintetikus műtrágyákkal és növényvédő szerekkel komoly probléma. Mivel ezek használata az ökológiai mezőgazdaságban tilos, helyettesítik őket szerves trágyákkal (pl. komposzt, állati trágya, zöldtrágya), valamint a nagyobb biológiai sokféleség (a termesztett fajok és az állandó növényzet tekintetében) felhasználásával, javítva a talaj szerkezetét és a víz beszivárgását. A jól kezelt, jobb tápanyag-visszatartó képességekkel rendelkező szerves rendszerek jelentősen csökkentik a talajvíz szennyezésének kockázatát. Egyes területeken, ahol a szennyezés valódi problémát jelent ,a biogazdálkodásra való áttérést erősen ösztönzik helyreállító intézkedésként (például Franciaország és Németország kormányai).
a levegő és az éghajlatváltozás. Az ökológiai mezőgazdaság csökkenti a nem megújuló energia felhasználását az agrokémiai igények csökkentésével (ezek nagy mennyiségű fosszilis tüzelőanyag előállítását igénylik). A biogazdálkodás hozzájárul az üvegházhatás és a globális felmelegedés enyhítéséhez azáltal, hogy képes megkötni a szén-dioxidot a talajban. Az ökológiai mezőgazdaságban alkalmazott számos gazdálkodási gyakorlat (pl. a minimális talajművelés, a növényi maradványok talajba juttatása, a takarónövények és a vetésforgók használata, valamint a nitrogénmegkötő hüvelyesek nagyobb mértékű integrálása) növelik a szén visszatérését a talajba, növelve a termelékenységet és előnyben részesítve a szén tárolását. Számos tanulmány kimutatta, hogy az ökológiai gazdálkodás során a talaj szerves széntartalma lényegesen magasabb. Minél több szerves szén marad meg a talajban, annál nagyobb a mezőgazdaság éghajlatváltozással szembeni mérséklési potenciálja. Ezen a területen azonban még sok kutatásra van szükség. A fejlődő országok esetében hiányoznak a talaj szervesszén-tartalmára vonatkozó adatok, nincsenek afrikai és Latin-amerikai mezőgazdasági rendszerek összehasonlító adatai, és csak korlátozott mennyiségű adat áll rendelkezésre a talaj szervesszén-készleteiről, ami döntő fontosságú a mezőgazdasági gyakorlatok szénmegkötési arányának meghatározásához.
biodiverzitás. A biogazdálkodók minden szinten a biológiai sokféleség őrzői és felhasználói. Génszinten a hagyományos és adaptált vetőmagokat és fajtákat részesítik előnyben a betegségekkel szembeni nagyobb ellenálló képességük és az éghajlati stresszel szembeni ellenálló képességük miatt. A fajok szintjén a növények és állatok különböző kombinációi optimalizálják a tápanyag – és energiaciklust a mezőgazdasági termeléshez. Az ökoszisztéma szintjén a természetes területek fenntartása a szerves mezőkön belül és azok körül, valamint a kémiai inputok hiánya megfelelő élőhelyeket teremt a vadon élő állatok számára. Az alulhasznosított Fajok gyakori használata (gyakran rotációs növényekként a talaj termékenységének megteremtésére) csökkenti az agrár-biodiverzitás erózióját, egészségesebb génállományt hozva létre – ez a jövőbeli alkalmazkodás alapja. Az élelmet és menedéket nyújtó struktúrák biztosítása, valamint a peszticidek használatának hiánya új vagy újra kolonizáló fajokat vonz az ökológiai területre (mind állandó, mind vándorló), beleértve a vadon élő növény-és állatvilágot (például madarakat), valamint az ökológiai rendszer számára előnyös szervezeteket, például a beporzókat és a kártevő ragadozókat. Az elmúlt években jelentősen megnőtt az ökológiai gazdálkodással és a biológiai sokféleséggel kapcsolatos tanulmányok száma. Egy nemrégiben készült tanulmány 766 tudományos cikk metaanalíziséről számolt be arra a következtetésre jutott, hogy az ökológiai gazdálkodás nagyobb biodiverzitást eredményez, mint más gazdálkodási rendszerek.
géntechnológiával módosított szervezetek. A GMO-k használata az ökológiai rendszerekben nem megengedett a bioélelmiszerek előállításának, feldolgozásának vagy kezelésének egyetlen szakaszában sem. Mivel a GMO-k környezetre és egészségre gyakorolt potenciális hatása nem teljesen ismert, az ökológiai mezőgazdaság elővigyázatossági megközelítést alkalmaz, és a természetes biológiai sokféleség ösztönzését választja. Az ökológiai címke ezért biztosítékot nyújt arra, hogy a GMO-kat nem szándékosan használták fel az ökológiai termékek előállítása és feldolgozása során. Ez nem garantálható a hagyományos termékekben, mivel a GMO-k élelmiszerekben való jelenlétének címkézése a legtöbb országban még nem lépett hatályba. A GMO-k hagyományos mezőgazdaságban történő egyre növekvő használata és a GMO-k környezetben történő átvitelének módja (például pollen útján) miatt azonban az ökológiai mezőgazdaság a jövőben nem lesz képes biztosítani, hogy az ökológiai termékek teljesen GMO-mentesek legyenek. A GMO-król a FAO “géntechnológiával módosított szervezetek, fogyasztók, élelmiszerbiztonság és a környezet”című kiadványában olvashat részletesen.
ökológiai szolgáltatások. Az ökológiai mezőgazdaság természeti erőforrásokra gyakorolt hatása kedvez az agrár-ökoszisztémán belüli kölcsönhatásoknak, amelyek létfontosságúak mind a mezőgazdasági termelés, mind a természetvédelem szempontjából. A származtatott ökológiai szolgáltatások közé tartozik a talajképződés és kondicionálás, a talaj stabilizálása, a hulladék újrahasznosítása, a szénmegkötés, a tápanyagok körforgása, a ragadozás, a beporzás és az élőhelyek. Az ökológiai termékek választásával a fogyasztó vásárlóereje révén elősegíti a kevésbé szennyező mezőgazdasági rendszert. Csökkennek a mezőgazdaság rejtett költségei a környezetre a természeti erőforrások degradációja szempontjából.