először elmagyarázom, miért nevezik el a kétféle baktériumot. Eredetileg a baktériumokat az organizmusok egyik fő csoportjának tekintették. Az organizmusok másik fő csoportja az eukarióták, amelyek magukban foglalják az összes állatot, növényt, gombát és az összes egysejtű organizmust, amelyeknek magja van. De amikor Carl Woese megvizsgálta a transzlációs készüléküket, megállapította, hogy a baktériumok egyik csoportja, amelyet “archaebacteria” – nak nevezett, olyan transzlációs rendszerrel rendelkezik, amely jobban kapcsolódik az eukarióta transzlációs rendszerhez, mint a többi baktériumhoz. Ekkor természetes volt a többi baktérium megnevezése, amelyről azt feltételezte, hogy kevésbé kapcsolódik az eukariótákhoz, mint “igazi baktériumokhoz”. Egy másik elnevezést is bevezetett a három csoportra, amelyeket “doméneknek” nevezett: Archaea, baktériumok és Eukarya.
annak megítéléséhez, hogy mi többé-kevésbé primitív, azaz mi jelent meg először, meg kell vizsgálnunk a különböző rendszerek felépítését, például a genetikát, például a transzlációs rendszerben és az anyagcsere-apparátusban. Ezután ezt a sejtrendszerek eredetére vonatkozó elméletekhez kell kapcsolnunk. Mint Woese megállapította, a transzlációs készülék genetikája azt mutatta, hogy az archaebaktériumok fejlettebb transzlációs rendszerrel rendelkeznek. Ez azt jelzi, hogy újabbak, mint a többi baktérium. De Woese elindította saját” progenote ” elméletét a sejtrendszerek eredetéről, ahol arra a következtetésre jutott, hogy mind a három forma egyidejűleg keletkezett, a “kristályosodás”folyamatán keresztül.
ha megnézzük a kétféle baktérium metabolikus rendszerét, azt látjuk, hogy sok eubaktérium sokkal fejlettebb rendszerrel rendelkezik. Úgy alkalmazkodtak az oxigénhez, hogy azt energiatermelésükhöz használják, hasonlóan az eukariótákhoz, mitokondriumaik felhasználásával, vagy alkalmazkodtak a hidrogén elérésének rendkívül nehéz módjához a modern, oxikus világban. Napfényt használnak, és hidrogént nyernek ki a vízből, hasonlóan a növényekhez kloroplasztokkal.
tehát azt mondhatjuk, hogy egyes eubaktériumok alkalmazkodnak a modern körülményekhez. De ez nem jelenti azt, hogy az eubaktériumok általában kevésbé primitívek. Sok anaerob eubaktérium van, amelyek sokkal primitívebb, fermentáló anyagcserét használnak. Tehát arra a következtetésre juthatunk, hogy az eubaktériumok primitívebbek, mint az archaebaktériumok, amelyek fejlettebb anyagcsere-rendszert használnak. Az archaebaktériumok általában úgy érik el az energiát, hogy a szén-dioxidot metánná redukálják. Ez a folyamat akkor lehetséges, ha szabad hidrogén áll rendelkezésre. Ezek az organizmusok tehát kötelező anaerobok, de még mindig fejlettebb anyagcsere-rendszerrel rendelkeznek, mint a fermentáló eubaktériumok.
az a tévhit, hogy az eubaktériumok általában újabb dátumúak, mint az archaebaktériumok, az eukarióták eredetének egyik népszerű elméletéből származnak. Az endoszimbiózis elméletében feltételezzük, hogy az eukarióta mag egy archaebacterium, amely rendkívüli sebességgel fejlődött, hogy az eukarióta rendkívül összetettebb ellenőrző szervévé váljon. Feltételezzük, hogy az organellák, vagy pontosabban kettő az organellák közül olyan eubaktériumok, amelyek egy primitív eukariótába léptek, hogy sokkal hatékonyabb anyagcsere-rendszert biztosítsanak számukra a modern, oxikus világban. Az endoszimbiózis elméletnek azonban sok problémája van (amelyek az OET-ben nem léteznek), és minden bizonnyal hamis. Mindenesetre nem ad magyarázatot a baktériumok eredetére. Az organella menekülési elmélet megmagyarázza a baktériumok eredetét, és megmagyarázza az összes organellum eredetét is. Az eukarióta tágulási elmélet sokkal jobb magyarázatot ad az eukarióták eredetére az RNS világából.