în primul rând, voi explica de ce cele două tipuri de bacterii sunt numite așa cum sunt. Inițial, bacteriile au fost văzute ca un grup principal de organisme. Celălalt grup principal de organisme este eucariotele, care cuprind toate animalele, plantele, ciupercile și toate organismele unicelulare care au un nucleu. Dar când Carl Woese le-a examinat aparatul de traducere, a descoperit că un grup de bacterii, pe care l-a numit „archaebacteria”, are un sistem de traducere care este mai legat de sistemul de traducere eucariotă decât cel găsit în restul bacteriilor. Atunci a fost firesc să numim restul bacteriilor, că el a presupus că este mai puțin legat de eucariote, ca „bacterii adevărate”. El a introdus, de asemenea, o altă denumire pentru cele trei grupuri, pe care le-a numit „domenii”: Archaea, bacterii și Eukarya.
pentru a judeca ceea ce este mai mult sau mai puțin primitiv, adică ceea ce a apărut mai întâi, ar trebui să ne uităm la constituirea diferitelor sisteme, cum ar fi genetica, de exemplu în sistemul de traducere și aparatul metabolic. Atunci ar trebui să ne raportăm la teoriile pentru originea sistemelor celulare. După cum a descoperit Woese, genetica din aparatul de traducere a arătat că arhebacteriile au un sistem de traducere mai avansat. Acest lucru ar trebui să indice că acestea sunt mai noi decât celelalte bacterii. Dar Woese și-a lansat propria teorie „progenote” pentru originea sistemelor celulare, unde a ajuns la concluzia că toate cele trei forme au apărut simultan, printr-un proces de „cristalizare”.
când ne uităm la sistemul metabolic al celor două tipuri de bacterii, vedem că multe dintre eubacterii au un sistem mult mai avansat. S-au adaptat la oxigen într-un mod care îl folosește pentru producerea lor de energie, la fel ca eucariotele, folosind mitocondriile lor, sau s-au adaptat la modul extrem de dificil de a obține hidrogen în lumea modernă, oxică. Ei folosesc lumina soarelui și extrag hidrogenul din apă, la fel ca plantele prin utilizarea cloroplastelor.
deci, ceea ce putem spune este că unele dintre eubacterii arată adaptare la condițiile moderne. Dar asta nu înseamnă că eubacteriile în general sunt mai puțin primitive. Există o mulțime de eubacterii anaerobe, care folosesc metabolismul mult mai primitiv, fermentant. Deci, putem concluziona că eubacteriile sunt mai primitive decât arhebacteriile, care utilizează un sistem metabolic mai avansat. Arhebacteriile obțin de obicei energie prin reducerea dioxidului de carbon la metan. Acest proces este posibil atunci când este disponibil hidrogen liber. Prin urmare, aceste organisme sunt anaerobe obligatorii, dar au încă un sistem metabolic mai avansat decât eubacteriile fermentante.
concepția greșită că eubacteriile sunt, în general, sunt de dată mai nouă decât archaebacteriile provin dintr-o teorie populară pentru originea eucariotelor. În teoria endosimbiozei, nucleul eucariotului este presupus a fi un archaebacterium care a evoluat într-o viteză extremă pentru a deveni organul de control extrem de complex al eucariotei. Organitele, sau mai precis două dintre organite, se presupune că sunt eubacterii care au intrat într-un eucariot primitiv pentru a le oferi un sistem metabolic mult mai eficient în lumea modernă, oxică. Teoria endosimbiozei are totuși o mulțime de probleme (care nu există în OET) și este cu siguranță falsă. În orice caz, nu oferă nicio explicație pentru originea bacteriilor. Teoria evadării Organelle explică modul în care au apărut bacteriile și explică, de asemenea, originea tuturor organelelor. Teoria expansiunii eucariotelor oferă o explicație mult mai bună originii eucariotelor din lumea ARN.