Evanghelia lui Ioan iese în evidență pe scară largă din primele trei Evanghelii, Matei, Marcu și Luca. Aceste trei Evanghelii, numite Evangheliile sinoptice, sunt foarte asemănătoare între ele în comparație cu Evanghelia lui Ioan. Temele din Ioan se remarcă în contrast cu cele din alte scrieri creștine timpurii. Ioan spune că Isus este cuvântul lui Dumnezeu, care nu se găsește în nici o altă Evanghelie, împreună cu numirea lui creatorul universului. Majoritatea poveștilor găsite în Ioan sunt unice pentru Ioan și nu pot fi găsite în altă parte. Cuvintele și faptele consemnate în Ioan apar doar în Ioan. De exemplu, povestea lui Isus transformând apa în vin apare doar în Evanghelia după Ioan, împreună cu Isus înviindu-l pe Lazăr din morți. Discursurile lungi și dialogul, inclusiv dialogul cu Nicodim, sunt unice pentru Ioan. Nu sunt atâtea minuni găsite în Ioan, dar cele care sunt în el sunt mult mai spectaculoase decât cele din orice altă Evanghelie. Nu există nici un secret mesianic. Isus nu-și ascunde abilitățile. Vrea să demonstreze cine este.
Ioan îl descrie pe Isus ca „un Dumnezeu care pășește pe fața pământului.”El face acest lucru prin evidențierea calităților sale divine care pot fi văzute în multe dintre poveștile Evangheliilor. Ioan descrie relația lui Isus cu Iuda mult diferit decât în Evanghelia după Marcu. În Evanghelia după Ioan, Isus și ucenicii săi merg într-o grădină să se roage și Iuda știa de locul respectiv. Isus era conștient de ceea ce avea să se întâmple. În Evanghelia lui Ioan, Isus este descris ca fiind mult mai acceptând soarta sa decât în Evanghelia lui Marcu. În Evanghelia după Marcu, Isus este descris ca fiind tulburat și agitat. El a fost profund întristat de ceea ce avea să se întâmple. Când ucenicii au adormit în timp ce Isus Se ruga, Isus s-a supărat pe ei. El este mult mai puțin înțelegător în Evanghelia lui Marcu. Următoarea parte este marșul lui Isus către locul morții sale. În Evanghelia lui Ioan, Isus a dus Crucea de unul singur la Golgota, dar în Evanghelia lui Marcu Isus a avut ajutor de la Simon din Cirene. Următoarea secțiune este Isus pe cruce. În Ioan, Isus spune că este terminat și își pleacă capul și moare. În Marcu, Isus strigă: „Dumnezeul Meu, Dumnezeul meu, de ce m-ai părăsit.”Isus nu-și acceptă soarta în Marcu așa cum o face în Ioan. Ultima secțiune la care m-am uitat este mormântul gol. În Ioan, când Maria Magadalena, Simon Petru și ucenicul iubit găsesc mormântul gol, erau unghiuri așezate în locul în care era Isus și nu se temeau de ceea ce vedeau. În Marcu, Maria Magadalene, Maria mama lui Iacov și Salome găsesc mormântul gol. Nu au spus nimănui ce au văzut pentru că le era frică.
versiunea lui Ioan se conformează mai îndeaproape genului unei biografii antice, deoarece o biografie antică trebuie să conțină o parte despre moarte și viața de apoi. În Ioan, cei care găsesc mormântul gol al lui Isus și despre care Isus pare să nu se teamă de el ca în Marcu. Ar fi mult mai dificil să-i convingi pe oameni de învierea lui Isus dacă cei care l-au văzut s-ar teme.