först kommer jag att förklara varför de två typerna av bakterier heter som de är. Ursprungligen sågs bakterier som en huvudgrupp av organismer. Den andra huvudgruppen av organismer är eukaryoter, som omfattar alla djur, växter, svampar och alla encelliga organismer som har en kärna. Men när Carl Woese undersökte deras översättningsapparat fann han att en grupp bakterier, som han kallade ”archaebacteria”, har ett översättningssystem som är mer relaterat till det eukaryota översättningssystemet än det som finns i resten av bakterierna. Det var då naturligt att kalla resten av bakterierna, att han antog vara mindre relaterad till eukaryoter, som ”sanna bakterier”. Han introducerade också en annan namngivning för de tre grupperna, som han kallade ”domäner”: Archaea, bakterier och Eukarya.
för att bedöma vad som är mer eller mindre primitivt, dvs. vad som uppträdde först, bör vi titta på sammansättningen av de olika systemen, såsom genetiken, t.ex. i översättningssystemet och den metaboliska apparaten. Vi bör då relatera det till teorierna för cellsystemens ursprung. Som Woese fann visade genetiken i översättningsapparaten att archaebacteria har ett mer avancerat översättningssystem. Detta bör indikera att de är nyare än de andra bakterierna. Men Woese lanserade sin egen ”progenote” – teori för ursprunget till cellulära system, där han drog slutsatsen att alla de tre formerna härstammar samtidigt genom en process av ”kristallisering”.
när vi tittar på det metaboliska systemet för de två typerna av bakterier ser vi att många av eubakterierna har ett mycket mer avancerat system. De har anpassat sig till syre på ett sätt som använder det för sin energiproduktion ungefär som eukaryoterna gör, med hjälp av deras mitokondrier, eller de har anpassat sig till det extremt svåra sättet att uppnå väte i den moderna oxiska världen. De använder solljus och extraherar väte från vatten, ungefär som växterna gör genom att använda kloroplaster.
så vad vi kan säga är att några av eubakterierna visar anpassning till moderna förhållanden. Men det betyder inte att eubakterier i allmänhet är mindre primitiva. Det finns många anaerobeeubakterier, som använder mycket mer primitiv, fermenterande metabolism. Så vi kan dra slutsatsen att eubakterierna är mer primitiva än archaebakterier, som använder ett mer avancerat metaboliskt system. Archaebakterier uppnår vanligtvis energi genom att minska koldioxid till metan. Denna process är möjlig när fritt väte är tillgängligt. Dessa organismer är därför obligatoriska anaerober, men har fortfarande ett mer avancerat metaboliskt system än fermenterande eubakterier.
missuppfattningen att eubakterier i allmänhet är av nyare datum än archaebakterier härstammar från en populär teori för eukaryoternas ursprung. I endosymbios teorin antas eukaryotkärnan vara ett archaebacterium som har utvecklats i extrem hastighet för att bli det extremt mer komplexa kontrollorganet för eukaryoten. Organellerna, eller mer exakt två av organellerna antas vara eubakterier som har gått in i en primitiv eukaryot för att ge dem ett mycket effektivare metaboliskt system i den moderna oxiska världen. Endosymbios teorin har dock många problem (som inte finns i OET), och det är verkligen falskt. I vilket fall som helst ger det ingen förklaring till bakteriens ursprung. Organellfluktteorin förklarar hur bakterier har sitt ursprung, och det förklarar också ursprunget för alla organeller. Eukaryotexpansionsteorin ger en mycket bättre förklaring till ursprunget för eukaryoter från RNA-världen.