Johannesevangeliet skiljer sig mycket från de tre första evangelierna, Matteus, Markus och Lukas. Dessa tre evangelier, som kallas de synoptiska evangelierna, är mycket lika varandra jämfört med Johannesevangeliet. Teman i John sticker ut i motsats till de i andra tidiga kristna skrifter. Johannes säger att Jesus är Guds ord, som inte finns i något annat evangelium, tillsammans med att kalla honom universums skapare. Majoriteten av berättelserna i John är unika för John och kan inte hittas någon annanstans. De ord och handlingar som registrerats i John förekommer endast i John. Till exempel, berättelsen om Jesus som förvandlar vatten till vin förekommer bara i Johannesevangeliet, tillsammans med Jesus som höjer Lasarus från de döda. Långa diskurser och dialog, inklusive dialogen med Nikodemus, är unika för John. Det finns inte så många mirakel som finns i Johannes, men de som finns i det är mycket mer spektakulära än de i något annat evangelium. Det finns inte heller någon messiansk hemlighet. Jesus döljer inte sina förmågor. Han vill visa vem han är.
John skildrar Jesus som ” en Gud som strider över jordens ansikte.”Han gör detta genom att lyfta fram sina gudomliga egenskaper som kan ses i många av evangeliernas berättelser. Johannes skildrar Jesu förhållande till Judas mycket annorlunda än i Markusevangeliet. I Johannesevangeliet går Jesus och hans lärjungar upp till en trädgård för att be och Judas visste om platsen. Jesus var medveten om vad som skulle ske. I Johannes Evangelium framställs Jesus som mycket mer accepterande av hans öde än i Markus evangelium. I Markusevangeliet beskrivs Jesus som bedrövad och upprörd. Han var djupt bedrövad över vad som skulle äga rum. När lärjungarna somnade medan Jesus bad blev Jesus upprörd över dem. Han är mycket mindre förståelse i Markus evangelium. Nästa del är Jesu marsch till platsen för hans död. I Johannes Evangelium bar Jesus korset själv till Golgata, men i Markus evangelium fick Jesus hjälp av Simon från Cyrene. Nästa avsnitt är Jesus på korset. I Johannes säger Jesus att det är färdigt och böjer huvudet och dör. I Markus ropar Jesus ut ” min Gud, min Gud, Varför har du övergivit mig.”Jesus accepterar inte sitt öde i Markus som han gör i Johannes. Det sista avsnittet Jag tittade på är den tomma graven. I Johannes, när Maria Magadalene, Simon Petrus och den älskade lärjungen hittar den tomma graven, satt vinklar på den plats där Jesus var och de fruktade inte vad de såg. I Mark, Mary Magadalene, Mary mor till James, och Salome hitta den tomma graven. De berättade inte för någon vad de såg för att de var rädda.
Johns version överensstämmer närmare med genren i en gammal biografi eftersom en gammal biografi måste innehålla en del om död och efterliv. I Johannes, de som hittar Jesu tomma grav och som Jesus verkar inte frukta honom som de gör i Mark. Det skulle vara mycket svårare att övertyga människor om Jesu uppståndelse om de som såg honom var rädda.