udržitelnost v dlouhodobém horizontu. Mnoho změn pozorovaných v životním prostředí je dlouhodobých a dochází pomalu v průběhu času. Ekologické zemědělství zvažuje střednědobý a dlouhodobý účinek zemědělských zásahů na agroekosystém. Jeho cílem je produkovat potraviny a zároveň vytvořit ekologickou rovnováhu, aby se zabránilo úrodnosti půdy nebo problémům se škůdci. Ekologické zemědělství zaujímá proaktivní přístup, na rozdíl od řešení problémů poté, co se objeví.
půda. Postupy budování půdy, jako je střídání plodin, inter-oříznutí, symbiotické asociace, krycí plodiny, organická hnojiva a minimální obdělávání půdy, jsou ústředním bodem ekologických postupů. Ty podporují půdní faunu a flóru, zlepšují tvorbu a strukturu půdy a vytvářejí stabilnější systémy. Na druhé straně se zvyšuje cyklování živin a energie a zvyšují se retenční schopnosti půdy pro živiny a vodu, což kompenzuje nepoužívání minerálních hnojiv. Takové techniky řízení také hrají důležitou roli při kontrole eroze půdy. Doba, po kterou je půda vystavena erozivním silám, se snižuje, zvyšuje se biologická rozmanitost půdy a snižují se ztráty živin, což pomáhá udržovat a zvyšovat produktivitu půdy. Vývoz živin z plodin je obvykle kompenzován obnovitelnými zdroji pocházejícími z farmy, ale někdy je nutné doplnit organické půdy draslíkem, fosfátem, vápníkem, hořčíkem a stopovými prvky z externích zdrojů.
voda. V mnoha zemědělských oblastech je znečištění podzemních vod syntetickými hnojivy a pesticidy velkým problémem. Protože jejich použití je v ekologickém zemědělství zakázáno, nahrazují se organickými hnojivy (např. kompostem, zvířecím hnojem, zeleným hnojem) a využíváním větší biologické rozmanitosti (z hlediska pěstovaných druhů a trvalé vegetace), což zvyšuje strukturu půdy a infiltraci vody. Dobře spravované organické systémy s lepšími schopnostmi zadržovat živiny výrazně snižují riziko znečištění podzemních vod. V některých oblastech, kde je znečištění skutečným problémem, je přeměna na ekologické zemědělství vysoce podporována jako obnovitelné opatření (např. vlády Francie a Německa).
Změna ovzduší a klimatu. Ekologické zemědělství snižuje spotřebu neobnovitelné energie snížením agrochemických potřeb(ty vyžadují výrobu velkého množství fosilních paliv). Ekologické zemědělství přispívá ke zmírnění skleníkového efektu a globálního oteplování díky své schopnosti sekvestrovat uhlík v půdě. Mnoho postupů řízení používaných v ekologickém zemědělství (např. minimální obdělávání půdy, vracení zbytků plodin do půdy, používání krunýřových plodin a střídání a větší integrace luštěnin fixujících dusík), zvýšení návratu uhlíku do půdy, zvýšení produktivity a zvýhodnění ukládání uhlíku. Řada studií odhalila, že obsah organického uhlíku v půdě v ekologickém zemědělství je podstatně vyšší. Čím více organického uhlíku je zadržováno v půdě, tím více je potenciál zmírňování zemědělství proti změně klimatu vyšší. V této oblasti je však zapotřebí mnoho výzkumu. Chybí údaje o organickém uhlíku v půdě pro rozvojové země, bez údajů o srovnání zemědělských systémů z Afriky a Latinské Ameriky, a pouze omezené údaje o zásobách organického uhlíku v půdě, což je zásadní pro stanovení míry sekvestrace uhlíku pro zemědělské postupy.
biodiverzita. Ekologičtí zemědělci jsou správci i uživateli biologické rozmanitosti na všech úrovních. Na genové úrovni jsou preferována tradiční a přizpůsobená semena a plemena pro jejich větší odolnost vůči chorobám a jejich odolnost vůči klimatickému stresu. Na druhové úrovni různé kombinace rostlin a živočichů optimalizují cyklování živin a energie pro zemědělskou produkci. Na úrovni ekosystému vytváří udržování přírodních oblastí uvnitř a kolem organických polí a absence chemických vstupů vhodná stanoviště pro volně žijící zvířata. Časté používání málo využívaných druhů (často jako rotačních plodin k budování úrodnosti půdy) snižuje erozi agro-biologické rozmanitosti, vytváří zdravější genofond – základ pro budoucí adaptaci. Poskytování struktur poskytujících potravu a přístřeší a nedostatečné používání pesticidů přitahují do organické oblasti nové nebo znovu kolonizující druhy (trvalé i stěhovavé), včetně divoké flóry a fauny (např. ptáků) a organismů prospěšných organickému systému, jako jsou opylovači a dravci škůdců. Počet studií o ekologickém zemědělství a biologické rozmanitosti se v posledních letech výrazně zvýšil. Nedávná studie informující o metaanalýze 766 vědeckých prací dospěla k závěru, že ekologické zemědělství produkuje více biologické rozmanitosti než jiné zemědělské systémy.
geneticky modifikované organismy. Používání GMO v ekologických systémech není povoleno během žádné fáze výroby, zpracování nebo manipulace s biopotravinami. Vzhledem k tomu, že potenciální dopad GMO na životní prostředí i zdraví není zcela pochopen, ekologické zemědělství zaujímá preventivní přístup a rozhoduje se podporovat přirozenou biologickou rozmanitost. Ekologická značka proto poskytuje záruku, že GMO nebyly při výrobě a zpracování ekologických produktů použity úmyslně. To je něco, co nelze zaručit u konvenčních výrobků, protože označování přítomnosti GMO v potravinářských výrobcích dosud ve většině zemí nevstoupilo v platnost. S rostoucím používáním GMO v konvenčním zemědělství a díky způsobu přenosu GMO v životním prostředí (např. pylem) však ekologické zemědělství nebude schopno zajistit, aby ekologické produkty byly v budoucnu zcela bez GMO. Podrobnou diskusi o GMO lze nalézt v publikaci FAO „geneticky modifikované organismy ,spotřebitelé, bezpečnost potravin a životní prostředí“.
ekologické služby. Dopad ekologického zemědělství na přírodní zdroje podporuje interakce v rámci agroekosystému, které jsou životně důležité jak pro zemědělskou produkci, tak pro ochranu přírody. Ekologické služby zahrnují formování a kondicionování půdy, stabilizace půdy, recyklace odpadu, sekvestrace uhlíku, cyklování živin, predace, opylování a stanoviště. Volbou ekologických produktů spotřebitel prostřednictvím své kupní síly podporuje méně znečišťující zemědělský systém. Skryté náklady zemědělství na životní prostředí z hlediska degradace přírodních zdrojů jsou sníženy.