nejprve vysvětlím, proč jsou tyto dva typy bakterií pojmenovány tak, jak jsou. Původně byly bakterie považovány za jednu hlavní skupinu organismů. Další hlavní skupinou organismů jsou eukaryoty, které zahrnují všechna zvířata, rostliny, houby a všechny jednobuněčné organismy, které mají jádro. Když však Carl Woese zkoumal jejich překladový aparát, zjistil, že jedna skupina bakterií, kterou nazval „archaebakterie“, má překladový systém, který více souvisí s eukaryotickým překladovým systémem, než který se nachází ve zbytku bakterií. Pak bylo přirozené nazvat zbytek bakterií, že předpokládal, že je méně příbuzný eukaryotům, jako „skutečné bakterie“. On také představil další pojmenování pro tři skupiny, že on volal „domény“: Archaea, bakterie a Eukarya.
abychom posoudili, co je víceméně primitivní, tj. co se objevilo jako první, měli bychom se podívat na konstituci různých systémů, jako je genetika, např. v translačním systému a metabolickém aparátu. Pak bychom to měli spojit s teoriemi o původu buněčných systémů. Jak zjistil Woese, genetika v překladovém aparátu ukázala, že archaebakterie mají pokročilejší překladový systém. To by mělo znamenat, že jsou novější než ostatní bakterie. Woese však zahájil svou vlastní teorii „progenote“ pro původ buněčných systémů, kde dospěl k závěru, že všechny tři formy vznikly současně procesem „krystalizace“.
když se podíváme na metabolický systém dvou typů bakterií, vidíme, že mnoho eubakterií má mnohem pokročilejší systém. Přizpůsobili se kyslíku způsobem, který ho využívá pro svou výrobu energie podobně jako eukaryoty, pomocí svých mitochondrií, nebo se přizpůsobili extrémně obtížnému způsobu, jak dosáhnout vodíku v moderním, oxickém světě. Používají sluneční světlo a extrahují vodík z vody, podobně jako rostliny pomocí chloroplastů.
takže můžeme říci, že některé eubakterie vykazují přizpůsobení moderním podmínkám. To však neznamená, že eubakterie jsou obecně méně primitivní. Existuje mnoho anaerobních eubakterií, které používají mnohem primitivnější, fermentující metabolismus. Můžeme tedy dojít k závěru, že eubakterie jsou primitivnější než archaebakterie, které používají pokročilejší metabolický systém. Archaebakterie obvykle dosahují energie snížením oxidu uhličitého na metan. Tento proces je možný, pokud je k dispozici volný vodík. Tyto organismy jsou proto povinnými anaerobami, ale stále mají pokročilejší metabolický systém než fermentující eubakterie.
mylná představa, že eubakterie jsou obecně novější než archaebakterie, pochází z jedné populární teorie původu eukaryot. V teorii endosymbiózy se předpokládá, že jádro eukaryoty je archaebakterium, které se vyvinulo extrémní rychlostí, aby se stalo extrémně složitějším kontrolním orgánem eukaryoty. Organely, nebo přesněji dvě z organel, se považují za eubakterie, které vstoupily do primitivní eukaryoty, aby jim poskytly mnohem účinnější metabolický systém v moderním, oxickém světě. Teorie endosymbiózy má však mnoho problémů (které v OET neexistují) a je zcela jistě nepravdivá. V žádném případě neposkytuje žádné vysvětlení původu bakterií. Teorie úniku organel vysvětluje, jak bakterie vznikly, a také vysvětluje původ všech organel. Teorie expanze eukaryot poskytuje mnohem lepší vysvětlení původu eukaryot ze světa RNA.