Johannesevangeliet skiller sig vidt ud fra de første tre evangelier, Mattæus, Markus og Lukas. Disse tre evangelier, der kaldes de synoptiske evangelier, ligner hinanden meget sammenlignet med Johannesevangeliet. Temaerne i John skiller sig ud i modsætning til dem i andre tidlige kristne skrifter. Johannes siger, at Jesus er Guds ord, som ikke findes i noget andet evangelium, sammen med at kalde ham universets skaber. Størstedelen af de historier, der findes i John, er unikke for John og kan ikke findes andre steder. De ord og gerninger, der er optaget i Johannes, forekommer kun i Johannes. For eksempel, historien om Jesus, der omdanner vand til vin, forekommer kun i Johannesevangeliet, sammen med Jesus, der rejser Lasarus fra de døde. Lange diskurser og dialog, herunder dialogen med Nikodemus, er unikke for John. Der findes ikke så mange mirakler i Johannes, men dem, der er i det, er meget mere spektakulære end dem i noget andet evangelium. Der er heller ingen messiansk hemmelighed. Jesus skjuler ikke sine evner. Han vil demonstrere, hvem han er.
John skildrer Jesus som “en Gud, der går over jordens overflade.”Han gør dette ved at fremhæve sine guddommelige kvaliteter, som kan ses i mange af evangeliernes historier. Johannes skildrer Jesu forhold til Judas meget anderledes end i Markusevangeliet. I Johannesevangeliet går Jesus og hans Disciple op til en have for at bede, og Judas kendte til stedet. Jesus var klar over, hvad der skulle ske. I Johannesevangeliet fremstilles Jesus som værende meget mere accepterende over for sin skæbne end i Markusevangeliet. I Markusevangeliet beskrives Jesus som ulykkelig og ophidset. Han var dybt bedrøvet over, hvad der skulle ske. Da Disciplene faldt i søvn, mens Jesus bad, blev Jesus oprørt over dem. Han er meget mindre forståelse i Markusevangeliet. Den næste del er Jesu march til stedet for hans død. I Johannesevangeliet Jesus bar korset for sig selv til Golgata, men i Markusevangeliet Jesus havde hjælp fra Simon af Kyrene. Næste afsnit er Jesus på korset. I Johannes siger Jesus, at det er færdigt og bøjer hovedet og dør. I Markus råber Jesus “min Gud, min Gud, Hvorfor har du forladt mig.”Jesus accepterer ikke sin skæbne i Markus, som han gør i Johannes. Det sidste afsnit, jeg kiggede på, er den tomme grav. I Johannes, Da Maria Magadalene, Simon Peter og den elskede discipel finder den tomme grav, sad der vinkler på det sted, hvor Jesus var, og de frygtede ikke, hvad de så. I Mark finder Maria Magadalene, Maria mor til James og Salome den tomme grav. De fortalte ikke nogen, hvad de så, fordi de var bange.
Johns version passer nærmere til genren i en gammel biografi, fordi en gammel biografi skal indeholde en del om død og efterliv. I Johannes, dem, der finder Jesu tomme grav, og som Jesus ser ud til at frygte ham, som de gør i Markus. Det ville være meget sværere at overbevise folk om Jesu opstandelse, hvis de, der så ham, var bange.