svampe bruger primært kemikalier til at beskytte sig selv, og kemikalierne er enten giftige eller smager bare dårligt. Dette forhindrer ikke kun rovdyr, men også konkurrence, da de kemikalier, de frigiver, forhindrer andre organismer i at vokse i nærheden af dem. Individuelle arter har andre strategier, såsom gravning i koraller, klipper eller bløddyr for at få beskyttelse.
en anden strategi, som mange koraller bruger til at holde rovdyr som havstjerner væk, kaster små bit af deres skeletelementer, kaldet spicules, på havbunden. Disse kan ophobes i et tykt lag og afskrække rovdyr, der skal kravle for at nå dem. Ikke alle svampe har en direkte forsvarsmekanisme. Glassvampe producerer ingen toksiner, men de lever i det meget dybe hav, hvor rovdyr er sjældne.
på trods af deres forsvar kan svampe kun foretage små bevægelser, når de overhovedet kan bevæge sig. De er sårbare over for organismer, der kan overvinde deres forsvar og er bytte for mange arter af skildpadder, fisk og hvirvelløse dyr. Svampe kan dog delvist drage fordel af rovdyr, da fragmenter af svamp efterladt af rovdyr ofte kan overleve og genoprette sig selv som uafhængige organismer. Deres ekstremt enkle organisation på celleniveau betyder, at de ofte kan overleve endda alvorlige skader forårsaget af rovdyr eller miljøeffekter.