først vil jeg forklare, hvorfor de to typer bakterier er navngivet som de er. Oprindeligt blev bakterier set som en hovedgruppe af organismer. Den anden hovedgruppe af organismer er eukaryoter, som omfatter alle dyr, planter, svampe og alle de enkeltcellede organismer, der har en kerne. Men da Carl undersøgte deres oversættelsesapparat, fandt han, at en gruppe bakterier, som han kaldte “archaebacteria”, har et oversættelsessystem, der er mere relateret til det eukaryote oversættelsessystem end det, der findes i resten af bakterierne. Det var så naturligt at betegne resten af bakterierne, at han antog at være mindre relateret til eukaryoter, som “sande bakterier”. Han introducerede også en anden navngivning for de tre grupper, som han kaldte “domæner”: Archaea, bakterier og Eukarya.
for at bedømme, hvad der er mere eller mindre primitivt, dvs.hvad der først dukkede op, skal vi se på sammensætningen af de forskellige systemer, såsom genetik, f. eks. i oversættelsessystemet og det metaboliske apparat. Vi bør så relatere det til teorierne for oprindelsen af cellulære systemer. Genetikken i oversættelsesapparatet viste, at arkaebakterierne har et mere avanceret oversættelsessystem. Dette skal indikere, at de er nyere end de andre bakterier. Men han lancerede sin egen” afkom ” teori for oprindelsen af cellulære systemer, hvor han konkluderede, at alle de tre former opstod samtidigt gennem en proces med “krystallisering”.
når vi ser på det metaboliske system af de to typer bakterier, ser vi, at mange af eubakterierne har et meget mere avanceret system. De har tilpasset sig ilt på en måde, der bruger det til deres energiproduktion, ligesom eukaryoterne gør, ved hjælp af deres mitokondrier, eller de har tilpasset sig den ekstremt vanskelige måde at opnå brint i den moderne, oksiske verden. De bruger sollys og ekstraherer brint fra vand, ligesom planterne gør ved hjælp af kloroplaster.
så hvad vi kan sige er, at nogle af eubakterierne viser tilpasning til moderne forhold. Men det betyder ikke, at eubakterier generelt er mindre primitive. Der er mange anaerobe eubakterier, som bruger meget mere primitiv, fermenterende metabolisme. Så vi kan konkludere, at eubakterierne er mere primitive end archaebacteria, som bruger et mere avanceret metabolisk system. Archaebacteria opnår typisk energi ved at reducere kulsyre til methan. Denne proces er mulig, når fri hydrogen er tilgængelig. Disse organismer er derfor obligatoriske anaerober, men har stadig et mere avanceret metabolisk system end de fermenterende eubakterier.
misforståelsen om, at eubakterier generelt er, er af nyere dato end archaebacteria stammer fra en populær teori for eukaryoter. I endosymbioseteorien antages eukaryotkernen at være et arkaebacterium, der har udviklet sig i en ekstrem hastighed for at blive det ekstremt mere komplekse kontrollerende organ for eukaryoten. Organellerne, eller mere præcist to af organellerne antages at være eubakterier, der er kommet ind i en primitiv eukaryot for at give dem et meget mere effektivt metabolisk system i den moderne, oksiske verden. Endosymbioseteorien har dog mange problemer (som ikke findes i OET), og det er helt sikkert falsk. Under alle omstændigheder giver det ingen forklaring på bakteriens Oprindelse. Den organelle flugt teori forklarer, hvordan bakterier opstod, og det forklarer også oprindelsen af alle organeller. Eukaryote-Ekspansionsteorien giver en meget bedre forklaring på oprindelsen af eukaryoter fra RNA-verdenen.