Zuerst werde ich erklären, warum die beiden Arten von Bakterien so genannt werden, wie sie sind. Ursprünglich wurden Bakterien als eine Hauptgruppe von Organismen angesehen. Die andere Hauptgruppe von Organismen sind Eukaryoten, die alle Tiere, Pflanzen, Pilze und alle einzelligen Organismen mit einem Kern umfassen. Aber als Carl Woese ihren Übersetzungsapparat untersuchte, fand er heraus, dass eine Gruppe von Bakterien, die er „Archaebakterien“ nannte, ein Übersetzungssystem hat, das mehr mit dem eukaryotischen Übersetzungssystem verwandt ist als mit dem Rest der Bakterien. Es war dann natürlich, den Rest der Bakterien, von denen er annahm, dass sie weniger mit Eukaryoten verwandt sind, als „echte Bakterien“ zu bezeichnen. Er führte auch eine andere Benennung für die drei Gruppen ein, die er „Domänen“ nannte: Archaea, Bacteria und Eukarya.
Um zu beurteilen, was mehr oder weniger primitiv ist, d. h. Was zuerst erschien, sollten wir die Konstitution der verschiedenen Systeme betrachten, wie die Genetik, z. B. im Translationssystem und im Stoffwechselapparat. Wir sollten das dann mit den Theorien über den Ursprung zellulärer Systeme in Verbindung bringen. Wie Woese herausfand, zeigte die Genetik im Translationsapparat, dass die Archaebakterien ein fortgeschritteneres Translationssystem haben. Dies sollte darauf hinweisen, dass sie neuer sind als die anderen Bakterien. Aber Woese startete seine eigene „Progenote“ -Theorie für den Ursprung zellulärer Systeme, wo er zu dem Schluss kam, dass alle drei Formen gleichzeitig durch einen Prozess der „Kristallisation“ entstanden sind.
Wenn wir uns das Stoffwechselsystem der beiden Bakterienarten ansehen, sehen wir, dass viele der Eubakterien ein viel fortgeschritteneres System haben. Sie haben sich so an Sauerstoff angepasst, dass sie ihn für ihre Energieerzeugung nutzen, ähnlich wie die Eukaryoten, indem sie ihre Mitochondrien verwenden, oder sie haben sich an den extrem schwierigen Weg angepasst, Wasserstoff in der modernen, oxischen Welt zu erreichen. Sie nutzen Sonnenlicht und extrahieren Wasserstoff aus Wasser, ähnlich wie die Pflanzen mit Chloroplasten.
Wir können also sagen, dass einige der Eubakterien eine Anpassung an moderne Bedingungen zeigen. Aber das bedeutet nicht, dass Eubakterien im Allgemeinen weniger primitiv sind. Es gibt viele anaerobe Eubakterien, die einen viel primitiveren, fermentierenden Stoffwechsel verwenden. Daraus können wir schließen, dass die Eubakterien primitiver sind als Archaebakterien, die ein fortgeschritteneres Stoffwechselsystem verwenden. Archaebakterien gewinnen typischerweise Energie, indem sie Kohlendioxid zu Methan reduzieren. Dieser Prozess ist möglich, wenn freier Wasserstoff verfügbar ist. Diese Organismen sind daher obligate Anaerobier, haben aber immer noch ein fortgeschritteneres Stoffwechselsystem als die fermentierenden Eubakterien.
Das Missverständnis, dass Eubakterien im Allgemeinen neueren Datums sind als Archaebakterien, stammt aus einer populären Theorie für den Ursprung von Eukaryoten. In der Endosymbiose-Theorie wird angenommen, dass der Eukaryontenkern ein Archaebakterium ist, das sich in extremer Geschwindigkeit zum extrem komplexeren Kontrollorgan des Eukaryonten entwickelt hat. Es wird angenommen, dass die Organellen, genauer gesagt zwei der Organellen, Eubakterien sind, die in einen primitiven Eukaryoten eingedrungen sind, um ihnen ein viel effizienteres Stoffwechselsystem in der modernen, oxischen Welt zu geben. Die Endosymbiose-Theorie hat jedoch viele Probleme (die in OET nicht existieren), und sie ist mit Sicherheit falsch. In jedem Fall gibt es keine Erklärung für die Herkunft von Bakterien. Die Organellenfluchttheorie erklärt, wie Bakterien entstanden sind, und sie erklärt auch den Ursprung aller Organellen. Die Eukaryonten-Expansionstheorie gibt eine viel bessere Erklärung für den Ursprung von Eukaryoten aus der RNA-Welt.