En primer lugar, explicaré por qué los dos tipos de bacterias se denominan como son. Originalmente, las bacterias se veían como un grupo principal de organismos. El otro grupo principal de organismos son los eucariotas, que comprenden a todos los animales, plantas, hongos y todos los organismos unicelulares que tienen un núcleo. Pero cuando Carl Woese examinó su aparato de traducción, encontró que un grupo de bacterias, que denominó «arquebacterias», tiene un sistema de traducción que está más relacionado con el sistema de traducción eucariota que el que se encuentra en el resto de las bacterias. Entonces era natural llamar al resto de las bacterias, que él suponía que estaban menos relacionadas con los eucariotas, como «bacterias verdaderas». También introdujo otro nombre para los tres grupos, que llamó «dominios»: Archaea, Bacterias y Eukarya.
Para juzgar lo que es más o menos primitivo, es decir, lo que apareció primero, debemos mirar la constitución de los diversos sistemas, como la genética, por ejemplo, en el sistema de traducción y el aparato metabólico. Entonces deberíamos relacionarlo con las teorías sobre el origen de los sistemas celulares. Como descubrió Woese, la genética en el aparato de traducción mostró que las arquebacterias tienen un sistema de traducción más avanzado. Esto debería indicar que son más nuevas que las otras bacterias. Pero Woese lanzó su propia teoría de «progenote» para el origen de los sistemas celulares, donde concluyó que las tres formas se originaron simultáneamente, a través de un proceso de «cristalización».
Cuando observamos el sistema metabólico de los dos tipos de bacterias, vemos que muchas de las eubacterias tienen un sistema mucho más avanzado. Se han adaptado al oxígeno de una manera que lo utiliza para su producción de energía, al igual que los eucariotas, usando sus mitocondrias, o se han adaptado a la forma extremadamente difícil de lograr hidrógeno en el mundo oxic moderno. Utilizan la luz solar y extraen hidrógeno del agua, al igual que las plantas usan cloroplastos.
Así que lo que podemos decir es que algunas de las eubacterias muestran adaptación a las condiciones modernas. Pero eso no significa que las eubacterias en general sean menos primitivas. Hay una gran cantidad de eubacterias anaerobias, que utilizan un metabolismo mucho más primitivo y fermentador. Así que podemos concluir que las eubacterias son más primitivas que las arquebacterias, que utilizan un sistema metabólico más avanzado. Las arquebacterias típicamente logran energía al reducir el dióxido de carbono a metano. Este proceso es posible cuando se dispone de hidrógeno libre. Por lo tanto, estos organismos son anaerobios obligados, pero aún tienen un sistema metabólico más avanzado que las eubacterias en fermentación.
La idea errónea de que las eubacterias son generalmente de fecha más reciente que las arquebacterias se origina en una teoría popular para el origen de los eucariotas. En la teoría de la endosimbiosis, se supone que el núcleo eucariota es un arquebacterio que ha evolucionado a una velocidad extrema para convertirse en el órgano controlador extremadamente más complejo del eucariota. Los orgánulos, o más precisamente dos de los orgánulos, se supone que son eubacterias que han entrado en un eucariota primitivo para darles un sistema metabólico mucho más eficiente en el mundo oxic moderno. Sin embargo, la teoría de la endosimbiosis tiene muchos problemas (que no existen en OET), y sin duda es falsa. En cualquier caso, no da ninguna explicación al origen de las bacterias. La Teoría del Escape de Orgánulos explica cómo se originó la bacteria, y también explica el origen de todos los orgánulos. La Teoría de Expansión Eucariota da una explicación mucho mejor al origen de los eucariotas del mundo del ARN.