El caimán se adapta a su entorno confiando en su piel camuflada, la posición de sus ojos y fosas nasales, la capacidad de sus oídos para cerrarse y sus órganos especializados. Tanto los pulmones como el corazón del caimán se adaptan a largos períodos de tiempo sumergidos en el agua.
Una de las adaptaciones del caimán para su entorno se encuentra en los pulmones y el corazón especializados que le permiten permanecer sumergido de forma segura en el agua. Los pulmones están protegidos por una estructura que impide que el agua entre en ellos incluso mientras la boca está abierta. El corazón es capaz de separar la sangre oxigenada y desoxigenada y enviar la sangre rica en oxígeno al cerebro para que el cocodrilo pueda permanecer bajo el agua durante largos períodos de tiempo.
Los ojos, la nariz y las orejas del cocodrilo también se adaptan a su entorno acuoso. Tanto sus fosas nasales como sus ojos están ubicados en la parte superior de su cabeza para que pueda permanecer casi completamente sumergido y aún respirar a través de las fosas nasales. Cuando los ojos están sumergidos, una membrana los protege y permite que el cocodrilo vea.
Otra adaptación es la piel de cocodrilo. La coloración gris y las perillas y protuberancias en su cuerpo le permiten mezclarse con su entorno, a menudo dándole al caimán la apariencia de un tronco y permitiéndole acercarse sigilosamente a la presa.