Las esponjas utilizan principalmente productos químicos para protegerse, y los productos químicos son tóxicos o simplemente tienen mal sabor. Esto no solo evita la depredación, sino también la competencia, ya que los productos químicos que liberan impiden que otros organismos crezcan cerca de ellos. Las especies individuales tienen otras estrategias, como excavar en corales, rocas o moluscos para obtener protección.
Otra estrategia que muchos corales utilizan para mantener alejados a depredadores como las estrellas de mar es arrojar pequeños trozos de sus elementos esqueléticos, llamados espículas, al fondo del mar. Estos pueden acumularse en una capa gruesa, disuadiendo a los depredadores que deben arrastrarse para alcanzarlos. No todas las esponjas tienen un mecanismo de defensa directo. Las esponjas de vidrio no producen toxinas, pero viven en el océano muy profundo, donde los depredadores son raros.
A pesar de sus defensas, las esponjas solo pueden hacer movimientos leves, cuando pueden moverse en absoluto. Son vulnerables a cualquier organismo que pueda superar sus defensas y son presa de muchas especies de tortugas, peces e invertebrados. Las esponjas pueden beneficiarse parcialmente de la depredación, sin embargo, ya que los fragmentos de esponja dejados por los depredadores a menudo pueden sobrevivir y restablecerse como organismos independientes. Su organización extremadamente simple a nivel de célula significa que a menudo pueden sobrevivir incluso a daños severos causados por depredadores o efectos ambientales.