El Evangelio de Juan se destaca ampliamente de los tres primeros Evangelios, Mateo, Marcos y Lucas. Estos tres evangelios, que se llaman evangelios sinópticos, son muy similares entre sí en comparación con el Evangelio de Juan. Los temas de Juan se destacan en contraste con los de otros escritos cristianos tempranos. Juan dice que Jesús es la palabra de Dios, que no se encuentra en ningún otro Evangelio, junto con llamarlo el creador del universo. La mayoría de las historias que se encuentran en Juan son exclusivas de Juan y no se pueden encontrar en ningún otro lugar. Las palabras y hechos registrados en Juan solo ocurren en Juan. Por ejemplo, la historia de Jesús convirtiendo el agua en vino solo ocurre en el Evangelio de Juan, junto con Jesús resucitando a Lázaro de entre los muertos. Los largos discursos y diálogos, incluido el diálogo con Nicodemo, son exclusivos de Juan. No hay tantos milagros encontrados en Juan, pero los que están en él son mucho más espectaculares que los de cualquier otro evangelio. No hay ningún secreto mesiánico. Jesús no oculta sus habilidades. Quiere demostrar quién es.
Juan retrata a Jesús como «un Dios que camina sobre la faz de la tierra.»Lo hace destacando sus cualidades divinas que se pueden ver en muchas de las historias de los evangelios. Juan retrata la relación de Jesús con Judas de manera muy diferente que en el evangelio de Marcos. En el evangelio de Juan, Jesús y sus discípulos suben a un jardín para orar y Judas sabía del lugar. Jesús estaba consciente de lo que iba a suceder. En el Evangelio de Juan, Jesús es retratado como mucho más aceptando su destino que en el Evangelio de Marcos. En el Evangelio de Marcos, Jesús es descrito como angustiado y agitado. Estaba profundamente apenado por lo que iba a suceder. Cuando los discípulos se durmieron mientras Jesús oraba, Jesús se enojó con ellos. Él es mucho menos comprensivo en el Evangelio de Marcos. La siguiente parte es la marcha de Jesús al lugar de su muerte. En el Evangelio de Juan, Jesús llevó la cruz por sí mismo al Gólgota, pero en el Evangelio de Marcos, Jesús recibió la ayuda de Simón de Cirene. La siguiente sección es Jesús en la cruz. En Juan, Jesús dice que está terminado, inclina la cabeza y muere. En Marcos, Jesús grita » Dios mío, Dios mío, por qué me has abandonado.»Jesús no acepta su destino en Marcos como lo hace en Juan. La última sección que miré es la tumba vacía. En Juan, cuando María Magadalena, Simón Pedro y el discípulo amado encuentran la tumba vacía, había ángulos sentados en el lugar donde estaba Jesús y no temían lo que veían. En Marcos, María Magadalena, María madre de Santiago y Salomé encuentran la tumba vacía. No le dijeron a nadie lo que vieron porque tenían miedo.
La versión de John se ajusta más al género de una biografía antigua porque una biografía antigua debe contener una parte sobre la muerte y el más allá. En Juan, aquellos que encuentran la tumba vacía de Jesús y que Jesús parece no temerle como lo hacen en Marcos. Sería mucho más difícil convencer a la gente de la resurrección de Jesús, si aquellos que lo vieron se asustaron.