Sostenibilidad a largo plazo. Muchos de los cambios observados en el medio ambiente son a largo plazo y ocurren lentamente con el tiempo. La agricultura orgánica considera el efecto a mediano y largo plazo de las intervenciones agrícolas en el agroecosistema. Su objetivo es producir alimentos al tiempo que establece un equilibrio ecológico para evitar la fertilidad del suelo o los problemas de plagas. La agricultura orgánica adopta un enfoque proactivo en lugar de tratar los problemas después de que surgen.
Suelo. Las prácticas de construcción del suelo, como las rotaciones de cultivos, los cultivos intercalados, las asociaciones simbióticas, los cultivos de cobertura, los fertilizantes orgánicos y la labranza mínima, son fundamentales para las prácticas orgánicas. Estos fomentan la fauna y la flora del suelo, mejorando la formación y estructura del suelo y creando sistemas más estables. A su vez, se aumenta el ciclo de nutrientes y energía y se mejoran las capacidades retentivas del suelo para obtener nutrientes y agua, compensando el no uso de fertilizantes minerales. Estas técnicas de gestión también desempeñan un papel importante en el control de la erosión del suelo. Disminuye el tiempo que el suelo está expuesto a las fuerzas erosivas, aumenta la biodiversidad del suelo y se reducen las pérdidas de nutrientes, lo que ayuda a mantener y mejorar la productividad del suelo. La exportación de nutrientes a los cultivos suele compensarse con recursos renovables de origen agrícola, pero a veces es necesario complementar los suelos orgánicos con potasio, fosfato, calcio, magnesio y oligoelementos de fuentes externas.
Agua. En muchas zonas agrícolas, la contaminación de los cursos de agua subterránea con fertilizantes y pesticidas sintéticos es un problema importante. Como su uso está prohibido en la agricultura orgánica, se sustituyen por fertilizantes orgánicos (por ejemplo, compost, estiércol animal, abono verde) y mediante el uso de una mayor biodiversidad (en términos de especies cultivadas y vegetación permanente), mejorando la estructura del suelo y la infiltración de agua. Los sistemas orgánicos bien administrados con mejores capacidades de retención de nutrientes reducen en gran medida el riesgo de contaminación de las aguas subterráneas. En algunas zonas en las que la contaminación es un problema real, la conversión a la agricultura ecológica es muy alentada como medida reparadora (por ejemplo, por los Gobiernos de Francia y Alemania).
El aire y el cambio climático. La agricultura orgánica reduce el uso de energía no renovable al disminuir las necesidades de agroquímicos (para producir grandes cantidades de combustible fósil). La agricultura orgánica contribuye a mitigar el efecto invernadero y el calentamiento global a través de su capacidad para secuestrar carbono en el suelo. Muchas prácticas de manejo utilizadas por la agricultura orgánica (p. ej. la labranza mínima, la devolución de residuos de cultivos al suelo, el uso de cultivos de cobertura y rotaciones, y la mayor integración de leguminosas fijadoras de nitrógeno), aumentan el retorno de carbono al suelo, aumentando la productividad y favoreciendo el almacenamiento de carbono. Varios estudios revelaron que el contenido de carbono orgánico en el suelo en la agricultura orgánica es considerablemente mayor. Cuanto más carbono orgánico se retiene en el suelo, mayor es el potencial de mitigación de la agricultura contra el cambio climático. Sin embargo, todavía se necesita mucha investigación en este campo. Se carece de datos sobre el carbono orgánico del suelo en los países en desarrollo, no se dispone de datos comparativos de los sistemas agrícolas de África y América Latina, y sólo se dispone de datos limitados sobre las reservas de carbono orgánico del suelo, que son cruciales para determinar las tasas de secuestro de carbono en las prácticas agrícolas.
Biodiversidad. Los agricultores orgánicos son custodios y usuarios de la biodiversidad a todos los niveles. A nivel genético, se prefieren las semillas y razas tradicionales y adaptadas por su mayor resistencia a las enfermedades y su resistencia al estrés climático. A nivel de especie, diversas combinaciones de plantas y animales optimizan el ciclo de nutrientes y energía para la producción agrícola. A nivel de ecosistema, el mantenimiento de áreas naturales dentro y alrededor de los campos orgánicos y la ausencia de insumos químicos crean hábitats adecuados para la vida silvestre. El uso frecuente de especies infrautilizadas (a menudo como cultivos de rotación para aumentar la fertilidad del suelo) reduce la erosión de la biodiversidad agrícola, creando un acervo genético más saludable, la base para la adaptación futura. El suministro de estructuras que proporcionan alimento y refugio, y la falta de uso de plaguicidas, atraen a especies nuevas o recolonizadoras a la zona orgánica (tanto permanentes como migratorias), incluida la flora y fauna silvestres (por ejemplo, aves) y organismos beneficiosos para el sistema orgánico, como los polinizadores y los depredadores de plagas. El número de estudios sobre agricultura ecológica y biodiversidad aumentó significativamente en los últimos años. Un estudio reciente que reporta un meta-análisis de 766 artículos científicos concluyó que la agricultura orgánica produce más biodiversidad que otros sistemas agrícolas.
Organismos modificados genéticamente. No se permite el uso de OMG en sistemas ecológicos durante ninguna fase de la producción, transformación o manipulación de alimentos ecológicos. Dado que el impacto potencial de los OMG en el medio ambiente y la salud no se comprende del todo, la agricultura orgánica está adoptando el enfoque de precaución y optando por fomentar la biodiversidad natural. Por lo tanto, la etiqueta ecológica garantiza que los OMG no se han utilizado intencionalmente en la producción y transformación de los productos ecológicos. Esto es algo que no se puede garantizar en los productos convencionales, ya que el etiquetado de la presencia de OMG en los productos alimenticios aún no ha entrado en vigor en la mayoría de los países. Sin embargo, con el creciente uso de OMG en la agricultura convencional y debido al método de transmisión de OMG en el medio ambiente (por ejemplo, a través del polen), la agricultura ecológica no podrá garantizar que los productos ecológicos estén completamente libres de OMG en el futuro. En la publicación de la FAO «Organismos modificados genéticamente, Consumidores, Seguridad alimentaria y medio ambiente»se ofrece un debate detallado sobre los OMG.
servicios Ecológicos. El impacto de la agricultura orgánica en los recursos naturales favorece las interacciones dentro del agroecosistema que son vitales tanto para la producción agrícola como para la conservación de la naturaleza. Los servicios ecológicos derivados incluyen la formación y acondicionamiento del suelo, la estabilización del suelo, el reciclaje de desechos, el secuestro de carbono, el ciclo de nutrientes, la depredación, la polinización y los hábitats. Al optar por productos orgánicos, el consumidor a través de su poder adquisitivo promueve un sistema agrícola menos contaminante. Se reducen los costos ocultos de la agricultura para el medio ambiente en términos de degradación de los recursos naturales.