Les éponges utilisent principalement des produits chimiques pour se protéger, et les produits chimiques sont toxiques ou ont tout simplement mauvais goût. Cela empêche non seulement la prédation, mais aussi la compétition, car les produits chimiques qu’ils libèrent empêchent d’autres organismes de se développer près d’eux. Les espèces individuelles ont d’autres stratégies, telles que l’enfouissement dans les coraux, les roches ou les mollusques pour obtenir une protection.
Une autre stratégie utilisée par de nombreux coraux pour éloigner les prédateurs tels que les étoiles de mer consiste à jeter de minuscules morceaux de leurs éléments squelettiques, appelés spicules, sur le fond marin. Ceux-ci peuvent s’accumuler dans une couche épaisse, dissuadant les prédateurs qui doivent ramper pour les atteindre. Toutes les éponges n’ont pas de mécanisme de défense directe. Les éponges de verre ne produisent aucune toxine, mais elles vivent dans l’océan très profond où les prédateurs sont rares.
Malgré leurs défenses, les éponges ne peuvent faire que de légers mouvements, alors qu’elles peuvent bouger du tout. Ils sont vulnérables à tous les organismes capables de surmonter leurs défenses et sont la proie de nombreuses espèces de tortues, de poissons et d’invertébrés. Les éponges peuvent cependant bénéficier partiellement de la prédation, car les fragments d’éponges laissés par les prédateurs peuvent souvent survivre et se rétablir en tant qu’organismes indépendants. Leur organisation cellulaire extrêmement simple signifie qu’ils peuvent souvent survivre même aux dommages graves causés par les prédateurs ou les effets environnementaux.