Tout d’abord, je vais expliquer pourquoi les deux types de bactéries sont nommés tels qu’ils sont. À l’origine, les bactéries étaient considérées comme un groupe principal d’organismes. L’autre groupe principal d’organismes est les eucaryotes, qui comprennent tous les animaux, les plantes, les champignons et tous les organismes unicellulaires qui ont un noyau. Mais lorsque Carl Woese a examiné leur appareil de traduction, il a constaté qu’un groupe de bactéries, qu’il a appelé « archaebacteria », a un système de traduction plus lié au système de traduction eucaryote que celui trouvé dans le reste des bactéries. Il était alors naturel de qualifier le reste des bactéries, qu’il supposait moins apparentées aux eucaryotes, de « vraies bactéries ». Il a également introduit une autre dénomination pour les trois groupes, qu’il a appelée « domaines »: Archaea, Bacteria et Eukarya.
Pour juger ce qui est plus ou moins primitif, c’est-à-dire ce qui est apparu en premier, il faut regarder la constitution des différents systèmes, tels que la génétique, par exemple dans le système de traduction et l’appareil métabolique. Nous devrions alors relier cela aux théories de l’origine des systèmes cellulaires. Comme Woese l’a constaté, la génétique dans l’appareil de traduction a montré que les archaébactéries ont un système de traduction plus avancé. Cela devrait indiquer qu’elles sont plus récentes que les autres bactéries. Mais Woese a lancé sa propre théorie « progénote » pour l’origine des systèmes cellulaires, où il a conclu que les trois formes provenaient simultanément, par un processus de « cristallisation ».
Lorsque nous regardons le système métabolique des deux types de bactéries, nous voyons que beaucoup d’eubactéries ont un système beaucoup plus avancé. Ils se sont adaptés à l’oxygène d’une manière qui l’utilise pour leur production d’énergie un peu comme le font les eucaryotes, en utilisant leurs mitochondries, ou ils se sont adaptés à la manière extrêmement difficile d’obtenir de l’hydrogène dans le monde moderne et oxique. Ils utilisent la lumière du soleil et extraient l’hydrogène de l’eau, un peu comme le font les plantes en utilisant des chloroplastes.
Donc ce que nous pouvons dire, c’est que certaines des eubactéries montrent une adaptation aux conditions modernes. Mais cela ne signifie pas que les eubactéries en général sont moins primitives. Il y a beaucoup d’eubactéries anaérobies, qui utilisent un métabolisme de fermentation beaucoup plus primitif. Nous pouvons donc conclure que les eubactéries sont plus primitives que les archaébactéries, qui utilisent un système métabolique plus avancé. Les archaébactéries produisent généralement de l’énergie en réduisant le dioxyde de carbone en méthane. Ce processus est possible lorsque de l’hydrogène libre est disponible. Ces organismes sont donc des anaérobies obligatoires, mais ont toujours un système métabolique plus avancé que les eubactéries en fermentation.
L’idée fausse que les eubactéries sont généralement plus récentes que les archaébactéries provient d’une théorie populaire sur l’origine des eucaryotes. Dans la théorie de l’endosymbiose, le noyau eucaryote est supposé être une archéobactérie qui a évolué à une vitesse extrême pour devenir l’organe de contrôle extrêmement plus complexe de l’eucaryote. Les organites, ou plus précisément deux des organites sont supposés être des eubactéries qui sont entrées dans un eucaryote primitif pour leur donner un système métabolique beaucoup plus efficace dans le monde oxique moderne. La théorie de l’endosymbiose a cependant beaucoup de problèmes (qui n’existent pas dans l’OET), et elle est très certainement fausse. En tout cas, il ne donne aucune explication à l’origine des bactéries. La théorie de l’évasion des organites explique l’origine des bactéries et explique également l’origine de tous les organites. La théorie de l’expansion des eucaryotes donne une bien meilleure explication à l’origine des eucaryotes du monde de l’ARN.