Le spugne utilizzano principalmente sostanze chimiche per proteggersi e le sostanze chimiche sono tossiche o solo di cattivo gusto. Questo non solo impedisce la predazione, ma anche la competizione, poiché le sostanze chimiche che rilasciano impediscono ad altri organismi di crescere vicino a loro. Le singole specie hanno altre strategie, come scavare in coralli, rocce o molluschi per ottenere protezione.
Un’altra strategia che molti coralli usano per tenere lontani predatori come le stelle marine sta spargendo piccoli pezzi dei loro elementi scheletrici, chiamati spicole, sul fondo del mare. Questi possono accumularsi in uno spesso strato, scoraggiando i predatori che devono strisciare per raggiungerli. Non tutte le spugne hanno un meccanismo di difesa diretto. Le spugne di vetro non producono tossine, ma vivono nell’oceano molto profondo dove i predatori sono rari.
Nonostante le loro difese, le spugne possono fare solo leggeri movimenti, quando possono muoversi del tutto. Sono vulnerabili a qualsiasi organismo in grado di superare le loro difese e sono preda di molte specie di tartarughe, pesci e invertebrati. Le spugne possono parzialmente beneficiare della predazione, tuttavia, poiché frammenti di spugna lasciati dai predatori possono spesso sopravvivere e ristabilirsi come organismi indipendenti. La loro organizzazione a livello cellulare estremamente semplice significa che spesso possono sopravvivere anche a gravi danni causati da predatori o effetti ambientali.