まず、なぜ2種類の細菌がそのまま命名されているのかを説明します。 もともと、細菌は生物の主要なグループの1つとして見られていました。 生物の他の主要なグループは、すべての動物、植物、真菌および核を有するすべての単細胞生物を含む真核生物である。 しかし、Carl Woeseが翻訳装置を調べたとき、彼は「古細菌」と呼ばれる細菌の1つのグループが、他の細菌よりも真核生物の翻訳系に関連する翻訳系を持ってい その後、残りの細菌を「真の細菌」として真核生物との関連性が低いと仮定したことは自然なことでした。 彼はまた、3つのグループの別の命名を導入し、彼は「ドメイン」と呼んだ：古細菌、細菌、真核生物。
多かれ少なかれ原始的なもの、すなわち最初に現れたものを判断するためには、翻訳システムや代謝装置などの遺伝学などの様々なシステムの構 次に、それを細胞系の起源の理論に関連付ける必要があります。 Woeseが発見したように、翻訳装置の遺伝学は、古細菌がより高度な翻訳システムを有することを示した。 これは、それらが他の細菌よりも新しいことを示すべきである。 しかし、Woeseは、細胞系の起源について独自の”progenote”理論を立ち上げ、三つの形態はすべて”結晶化”のプロセスを通じて同時に発生したと結論づけた。
二つのタイプの細菌の代謝系を見ると、真正細菌の多くははるかに高度なシステムを持っていることがわかります。 彼らは真核生物がミトコンドリアを使って行うのと同じようにエネルギー生産にそれを使用する方法で酸素に適応しているか、現代の酸素の世界で水素を達成するための非常に困難な方法に適応しています。 彼らは日光を使用し、植物が葉緑体を使用して行うのと同じように、水から水素を抽出します。
だから私たちが言うことができるのは、真正細菌のいくつかは現代の条件への適応を示すということです。 しかし、それは一般的に真正細菌があまり原始的であることを意味するものではありません。 多くの嫌気性真正細菌があり、これははるかに原始的で発酵代謝を使用する。 したがって、真正細菌は、より高度な代謝系を使用する古細菌よりも原始的であると結論づけることができる。 古細菌は、典型的には、二酸化炭素をメタンに還元することによってエネルギーを達成する。 このプロセスは、遊離水素が利用可能である場合に可能である。 したがって、これらの生物は偏性嫌気性菌であるが、発酵真正細菌よりも高度な代謝系を有する。
真正細菌が一般的であるという誤解は、古細菌よりも新しい日付のものであり、真核生物の起源に関する一般的な理論に由来する。 内共生説では、真核生物の核は、真核生物の非常に複雑な制御器官になるために極端な速度で進化した古細菌であると仮定されています。 細胞小器官、またはより正確には2つの細胞小器官は、現代の酸素の世界ではるかに効率的な代謝系を与えるために原始的な真核生物に入った真正細菌であると仮定されている。 しかし、内共生理論には多くの問題があり（OETには存在しない）、それは最も確かに間違っています。 いずれにしても、それは細菌の起源についての説明を与えない。 オルガネラ脱出理論は、細菌がどのように発生したかを説明し、それはまた、すべてのオルガネラの起源を説明します。 真核生物の拡張理論は、RNAの世界からの真核生物の起源にはるかに良い説明を与えます。