eerst zal ik uitleggen waarom de twee soorten bacteriën zo worden genoemd. Oorspronkelijk werden bacteriën gezien als een hoofdgroep van organismen. De andere hoofdgroep van organismen is eukaryoten, die alle dieren, planten, schimmels en alle eencellige organismen die een kern hebben omvatten. Maar toen Carl Woese hun vertaalapparaat onderzocht, vond hij dat een groep bacteriën, die hij “archaebacteria” noemde, een vertaalsysteem heeft dat meer gerelateerd is aan het eukaryotische vertaalsysteem dan dat gevonden wordt in de rest van de bacteriën. Het was dan natuurlijk om de rest van de bacteriën, waarvan hij veronderstelde dat ze minder verwant waren aan eukaryoten, te noemen als “echte bacteriën”. Hij introduceerde ook een andere naamgeving voor de drie groepen, die hij “domeinen” noemde: Archaea, Bacteria en Eukarya.Om te beoordelen wat min of meer primitief is, dat wil zeggen wat het eerst verscheen, moeten we kijken naar de samenstelling van de verschillende systemen, zoals de genetica, bijvoorbeeld in het vertaalsysteem en het metabole apparaat. We moeten dat dan relateren aan de theorieën voor de oorsprong van cellulaire systemen. Zoals Woese ontdekte, toonden de genetica in het vertaalapparaat aan dat de archaebacteriën een geavanceerder vertaalsysteem hebben. Dit moet erop wijzen dat ze nieuwer zijn dan de andere bacteriën. Maar Woese lanceerde zijn eigen “progenote” theorie voor de oorsprong van cellulaire systemen, waar hij concludeerde dat alle drie vormen gelijktijdig ontstonden, door middel van een proces van “kristallisatie”.
als we kijken naar het metabolische systeem van de twee soorten bacteriën, zien we dat veel van de eubacteriën een veel geavanceerder systeem hebben. Ze hebben zich aangepast aan zuurstof op een manier die het gebruikt voor hun energieproductie, net als de eukaryoten doen, met behulp van hun mitochondriën, of ze hebben zich aangepast aan de extreem moeilijke manier om waterstof te bereiken in de moderne, oxische wereld. Ze gebruiken zonlicht en halen waterstof uit water, net als de planten doen met behulp van chloroplasten.
dus wat we kunnen zeggen is dat sommige eubacteriën zich aanpassen aan moderne omstandigheden. Maar dat betekent niet dat eubacteriën in het algemeen minder primitief zijn. Er zijn veel anaerobe eubacteriën, die veel primitiever, fermenterend metabolisme gebruiken. We kunnen dus concluderen dat de eubacteriën primitiever zijn dan archaebacteriën, die een geavanceerder metabolisch systeem gebruiken. Archaebacteriën bereiken doorgaans energie door kooldioxide te reduceren tot methaan. Dit proces is mogelijk wanneer er vrije waterstof beschikbaar is. Deze organismen zijn dus verplichte anaëroben, maar hebben nog steeds een geavanceerder metabolisch systeem dan de fermenterende eubacteriën.
de misvatting dat eubacteriën over het algemeen een nieuwere Datum hebben dan archaebacteriën, komt voort uit een populaire theorie over de oorsprong van eukaryoten. In de endosymbiose theorie wordt aangenomen dat de eukaryote kern een archaebacterium is dat in een extreme snelheid is geëvolueerd tot het uiterst complexere controleorgaan van de eukaryote. De organellen, of meer precies twee van de organellen worden verondersteld eubacteriën te zijn die een primitieve eukaryote zijn ingegaan om hen een veel efficiënter metabolisch systeem in de moderne, oxische wereld te geven. De endosymbiose theorie heeft echter veel problemen (die niet bestaan in OET), en het is zeer zeker onwaar. In ieder geval geeft het geen verklaring voor de oorsprong van bacteriën. De organel-Ontsnappingstheorie verklaart hoe bacteriën zijn ontstaan, en het verklaart ook de oorsprong van alle organellen. De eukaryote-Uitbreidingstheorie geeft een veel betere verklaring aan de oorsprong van eukaryotes uit de RNA-wereld.