Wiele zmian obserwowanych w środowisku ma charakter długotrwały, zachodzących powoli w czasie. Rolnictwo ekologiczne uwzględnia średnio-i długoterminowy wpływ interwencji rolnych na ekosystem rolny. Jego celem jest produkcja żywności przy jednoczesnym ustanowieniu równowagi ekologicznej, aby zapobiec żyzności gleby lub problemom szkodników. Rolnictwo ekologiczne przyjmuje proaktywne podejście w przeciwieństwie do leczenia problemów po ich pojawieniu się.
gleba. Praktyki związane z budową gleby, takie jak płodozmian, uprawa międzyplonów, Stowarzyszenia symbiotyczne, uprawy okrywowe, nawozy organiczne i minimalna uprawa mają kluczowe znaczenie dla praktyk organicznych. Sprzyjają one faunie i florze gleb, poprawiając ich kształtowanie i strukturę oraz tworząc bardziej stabilne systemy. Z kolei zwiększa się cykliczność składników odżywczych i energetycznych, a także zwiększa się zdolność gleby do zatrzymywania składników odżywczych i wody, kompensując niestosowanie nawozów mineralnych. Takie techniki zarządzania odgrywają również ważną rolę w kontroli erozji gleby. Zmniejsza się czas, w którym gleba jest narażona na działanie sił erozyjnych, zwiększa się bioróżnorodność gleby i zmniejsza się straty składników odżywczych, co pomaga utrzymać i zwiększyć wydajność gleby. Eksport składników odżywczych do upraw jest zwykle kompensowany przez zasoby odnawialne pochodzące z gospodarstw rolnych, ale czasami konieczne jest uzupełnienie gleb organicznych potasem, fosforanami, wapniem, magnezem i pierwiastkami śladowymi ze źródeł zewnętrznych.
woda. W wielu obszarach rolnictwa poważnym problemem jest zanieczyszczenie wód gruntowych nawozami syntetycznymi i pestycydami. Ponieważ ich stosowanie jest zabronione w rolnictwie ekologicznym, są one zastępowane przez nawozy organiczne (np. kompost, obornik zwierzęcy, nawóz zielony) oraz poprzez wykorzystanie większej różnorodności biologicznej (pod względem gatunków uprawianych i trwałej roślinności), poprawiając strukturę gleby i infiltrację wody. Dobrze zarządzane systemy organiczne o lepszych zdolnościach zatrzymywania składników odżywczych znacznie zmniejszają ryzyko zanieczyszczenia wód gruntowych. W niektórych obszarach, gdzie zanieczyszczenie jest prawdziwym problemem, konwersja na rolnictwo ekologiczne jest bardzo zachęcana jako środek naprawczy (np. przez rządy Francji i Niemiec).
powietrze a zmiany klimatyczne. Rolnictwo ekologiczne zmniejsza zużycie energii nieodnawialnej poprzez zmniejszenie potrzeb agrochemicznych (wymaga to produkcji dużych ilości paliw kopalnych). Rolnictwo ekologiczne przyczynia się do łagodzenia efektu cieplarnianego i globalnego ocieplenia poprzez zdolność do sekwestrowania węgla w glebie. Wiele praktyk zarządzania stosowanych w rolnictwie ekologicznym (np. minimalna uprawa, powrót resztek pożniwnych do gleby, stosowanie roślin okrywowych i płodozmianu oraz większa integracja roślin strączkowych zawierających azot), zwiększają Powrót Węgla do gleby, zwiększając wydajność i sprzyjając magazynowaniu węgla. Szereg badań wykazało, że zawartość węgla organicznego w glebie w rolnictwie ekologicznym jest znacznie wyższa. Im więcej węgla organicznego jest zatrzymywane w glebie, tym większy jest potencjał łagodzenia zmian klimatu przez rolnictwo. W tej dziedzinie potrzebne jest jednak jeszcze wiele badań. Brak jest danych dotyczących węgla organicznego w glebie dla krajów rozwijających się, brak jest danych porównawczych dotyczących systemów rolnych z Afryki i Ameryki Łacińskiej, a jedynie ograniczone dane dotyczące zasobów węgla organicznego w glebie, co ma kluczowe znaczenie dla określenia wskaźników sekwestracji dwutlenku węgla dla praktyk rolniczych.
bioróżnorodność. Rolnicy ekologiczni są zarówno opiekunami, jak i użytkownikami bioróżnorodności na wszystkich poziomach. Na poziomie genów preferowane są tradycyjne i przystosowane nasiona i rasy ze względu na ich większą odporność na choroby i odporność na stres klimatyczny. Na poziomie gatunkowym różnorodne kombinacje roślin i zwierząt optymalizują cykle odżywcze i energetyczne w produkcji rolnej. Na poziomie ekosystemu utrzymanie naturalnych obszarów w obrębie pól organicznych i wokół nich oraz brak środków chemicznych tworzą odpowiednie siedliska dla dzikiej przyrody. Częste wykorzystywanie gatunków niedostatecznie wykorzystywanych (często jako rośliny płodozmianowe do budowy żyzności gleby) zmniejsza erozję Agro-bioróżnorodności, tworząc zdrowszą pulę genów – podstawę przyszłej adaptacji. Zapewnienie struktur zapewniających pożywienie i schronienie oraz brak stosowania pestycydów przyciągają na obszar organiczny Nowe lub rekolonizujące gatunki (zarówno stałe, jak i wędrowne), w tym dziką florę i faunę (np. ptaki) oraz organizmy korzystne dla systemu ekologicznego, takie jak zapylacze i szkodniki. Liczba badań dotyczących rolnictwa ekologicznego i bioróżnorodności znacznie wzrosła w ostatnich latach. Niedawne badanie przedstawiające metaanalizę 766 prac naukowych wykazało, że rolnictwo ekologiczne wytwarza więcej różnorodności biologicznej niż inne systemy rolnictwa.
Stosowanie GMO w systemach ekologicznych nie jest dozwolone na żadnym etapie produkcji, przetwarzania lub obchodzenia się z żywnością ekologiczną. Ponieważ potencjalny wpływ GMO na środowisko i zdrowie nie jest w pełni zrozumiały, rolnictwo ekologiczne stosuje podejście ostrożnościowe i decyduje się na wspieranie naturalnej różnorodności biologicznej. Etykieta ekologiczna daje zatem pewność, że GMO nie zostały celowo wykorzystane w produkcji i przetwarzaniu produktów ekologicznych. Jest to coś, czego nie można zagwarantować w przypadku produktów konwencjonalnych, ponieważ etykietowanie obecności GMO w produktach spożywczych nie weszło jeszcze w życie w większości krajów. Jednak wraz ze wzrostem wykorzystania GMO w rolnictwie konwencjonalnym oraz ze względu na sposób przekazywania GMO do środowiska (np. poprzez pyłek) rolnictwo ekologiczne nie będzie w stanie zapewnić, że produkty ekologiczne będą całkowicie wolne od GMO w przyszłości. Szczegółową dyskusję na temat GMO można znaleźć w publikacji FAO „organizmy zmodyfikowane genetycznie, konsumenci, Bezpieczeństwo Żywności i Środowisko”.
usługi ekologiczne. Wpływ rolnictwa ekologicznego na zasoby naturalne sprzyja interakcjom w ekosystemie rolnym, które mają zasadnicze znaczenie zarówno dla produkcji rolnej, jak i dla ochrony przyrody. Usługi ekologiczne obejmują kształtowanie i kondycjonowanie gleby, stabilizację gleby, recykling odpadów, sekwestrację węgla, cyklinowanie składników odżywczych, drapieżnictwo, zapylanie i siedliska. Decydując się na produkty ekologiczne, konsument poprzez swoją siłę nabywczą Promuje mniej zanieczyszczający system rolny. Zmniejszają się ukryte koszty rolnictwa dla środowiska pod względem degradacji zasobów naturalnych.