najpierw wyjaśnię, dlaczego te dwa rodzaje bakterii są tak nazwane. Początkowo bakterie były postrzegane jako jedna z głównych grup organizmów. Inną główną grupą organizmów są eukarioty, które obejmują wszystkie zwierzęta, rośliny, grzyby i wszystkie jednokomórkowe organizmy, które mają jądro. Ale kiedy Carl Woese zbadał ich aparat translacji, odkrył, że jedna grupa bakterii, którą nazwał „archaebacteria”, ma system translacji, który jest bardziej spokrewniony z eukariotycznym systemem translacji niż z resztą bakterii. Wtedy naturalne było określenie reszty bakterii, które uważał za mniej spokrewnione z eukariotami, jako „prawdziwe bakterie”. Wprowadził również inne nazewnictwo dla trzech grup, które nazwał „domenami”: Archaea, Bacteria i Eukarya.
aby ocenić, co jest mniej lub bardziej prymitywne, tj. co pojawiło się jako pierwsze, powinniśmy przyjrzeć się budowie różnych systemów, takich jak genetyka, np. w systemie translacji i aparacie metabolicznym. Następnie powinniśmy odnieść to do teorii pochodzenia systemów komórkowych. Jak stwierdził Woese, genetyka w aparacie translacyjnym wykazała, że archaebakterie mają bardziej zaawansowany system translacji. To powinno wskazywać, że są one nowsze niż inne bakterie. Ale Woese zapoczątkował własną teorię ” progenote „dotyczącą pochodzenia systemów komórkowych, w której doszedł do wniosku, że wszystkie trzy formy powstały jednocześnie, w procesie”krystalizacji”.
kiedy przyjrzymy się systemowi metabolicznemu tych dwóch rodzajów bakterii, widzimy, że wiele z eubakterii ma znacznie bardziej zaawansowany system. Przystosowali się do tlenu w sposób, który wykorzystuje go do produkcji energii, podobnie jak eukarioty, używając swoich mitochondriów, lub przystosowali się do niezwykle trudnego sposobu uzyskiwania wodoru we współczesnym, tlenowym świecie. Wykorzystują światło słoneczne i wydobywają wodór z wody, podobnie jak rośliny wykorzystują chloroplasty.
można więc powiedzieć, że niektóre z eubakterii wykazują adaptację do współczesnych warunków. Ale to nie znaczy, że eubakterie w ogóle są mniej prymitywne. Istnieje wiele eubakterii beztlenowych, które wykorzystują znacznie bardziej prymitywny, fermentujący metabolizm. Możemy więc stwierdzić, że eubakterie są bardziej prymitywne niż archaebakterie, które wykorzystują bardziej zaawansowany system metaboliczny. Archaebakterie zazwyczaj osiągają energię poprzez redukcję dwutlenku węgla do metanu. Proces ten jest możliwy, gdy dostępny jest wolny Wodór. Organizmy te są więc obligatoryjnymi beztlenowcami, ale nadal mają bardziej zaawansowany układ metaboliczny niż fermentująca eubakteria.
błędne przekonanie, że eubakteria są na ogół nowsze niż archaebakteria, wywodzi się z jednej z popularnych teorii o pochodzeniu eukariotów. W teorii endosymbiozy zakłada się, że jądro eukarioty jest archaebakterium, które rozwinęło się w ekstremalnej prędkości, aby stać się niezwykle bardziej złożonym organem kontrolnym eukarioty. Organelle, a dokładniej dwie z organelli są uważane za eubakterie, które weszły do prymitywnego eukariota, aby dać im znacznie wydajniejszy system metaboliczny we współczesnym, oksycznym świecie. Teoria endosymbiozy ma jednak wiele problemów (które nie istnieją w OET) i jest z pewnością fałszywa. W każdym razie nie wyjaśnia pochodzenia bakterii. Teoria ucieczki organelli wyjaśnia, w jaki sposób powstały bakterie, a także wyjaśnia pochodzenie wszystkich organelli. Teoria ekspansji eukariotów daje znacznie lepsze wyjaśnienie pochodzenia eukariotów ze świata RNA.