Ewangelia Jana wyróżnia się na tle trzech pierwszych Ewangelii: Mateusza, Marka i Łukasza. Te trzy Ewangelie, które nazywane są ewangeliami synoptycznymi, są do siebie bardzo podobne w porównaniu z Ewangelią Jana. Tematy w Janie wyróżniają się w przeciwieństwie do tych w innych wczesnych pismach chrześcijańskich. Jan mówi, że Jezus jest Słowem Bożym, którego nie ma w żadnej innej Ewangelii, a także nazywa go stwórcą wszechświata. Większość opowieści znalezionych w Janie jest unikalna dla Jana i nie można jej znaleźć nigdzie indziej. Słowa i czyny zapisane w Janie występują tylko w Janie. Na przykład historia Jezusa zamieniającego wodę w wino pojawia się tylko w Ewangelii Jana, wraz z Jezusem wskrzeszającym Łazarza z martwych. Długie dyskursy i dialog, w tym dialog z Nikodemem, są unikalne dla Jana. Nie ma tak wielu cudów znalezionych w Janie, ale te, które są w nim, są o wiele bardziej spektakularne niż te w jakiejkolwiek innej Ewangelii. Nie ma też mesjańskiej tajemnicy. Jezus nie ukrywa swoich zdolności. Chce pokazać, kim jest.
Jan przedstawia Jezusa jako ” Boga kroczącego po powierzchni Ziemi.”Czyni to, podkreślając swoje boskie cechy, które można zobaczyć w wielu opowiadaniach Ewangelii. Jan obrazuje relację Jezusa z Judaszem znacznie inaczej niż w Ewangelii Marka. W Ewangelii Jana, Jezus i jego uczniowie idą do ogrodu, aby się modlić, a Judasz wiedział o tym miejscu. Jezus był świadomy tego, co się wydarzy. W Ewangelii Jana Jezus jest przedstawiony jako bardziej akceptujący swój los niż w Ewangelii Marka. W Ewangelii Marka Jezus jest opisany jako zmartwiony i poruszony. Był głęboko zasmucony tym, co miało się wydarzyć. Kiedy uczniowie zasnęli, gdy Jezus się modlił, Jezus się na nich zdenerwował. Jest o wiele mniej wyrozumiały w Ewangelii Marka. Następna część to marsz Jezusa na miejsce jego śmierci. W Ewangelii Jana Jezus sam niósł krzyż na Golgotę, ale w Ewangelii Marka Jezus miał pomoc ze strony Szymona z Cyreny. Następna część to Jezus na krzyżu. W Janie Jezus mówi, że jest skończone, pochyla głowę i umiera. W Marka Jezus woła: „Boże mój, Boże mój, czemuś mnie opuścił.”Jezus nie akceptuje swojego losu w Marku, tak jak w Janie. Ostatnia część, na którą spojrzałem, to pusty Grobowiec. W Janie, gdy Maria Magadalene, Szymon Piotr i umiłowany uczeń znaleźli pusty grób, w miejscu, gdzie był Jezus, siedziały kąty i nie bali się tego, co widzieli. W Marku, Maria Magadalene, Maria matka Jakuba i Salome znajdują pusty grób. Nie powiedzieli nikomu, co widzieli, bo się bali.
wersja Johna bardziej pasuje do gatunku starożytnej biografii, ponieważ starożytna biografia musi zawierać część o śmierci i życiu pozagrobowym. W Janie ci, którzy znajdują pusty grób Jezusa i których Jezus wydaje się nie bać go, jak robią to w Marku. Byłoby o wiele trudniej przekonać ludzi o zmartwychwstaniu Jezusa, gdyby ci, którzy go widzieli, bali się.