Svamper bruker primært kjemikalier for å beskytte seg selv, og kjemikaliene er enten giftige eller bare smaker dårlig. Dette forhindrer ikke bare predasjon, men også konkurranse, da kjemikaliene de frigjør hindrer andre organismer i å vokse i nærheten av dem. Enkelte arter har andre strategier, som å grave inn i koraller, bergarter eller bløtdyr for å få beskyttelse.
en annen strategi mange koraller bruker for å holde rovdyr som sjøstjerner unna, er å kaste små biter av deres skjelettelementer, kalt spicules, på havbunnen. Disse kan samle seg i et tykt lag, avskrekke rovdyr som må krype for å nå dem. Ikke alle svamper har en direkte forsvarsmekanisme. Glass svamper produserer ikke noen giftstoffer, men de lever i svært dypt hav hvor rovdyr er sjeldne.
til tross for deres forsvar, kan svamper bare gjøre små bevegelser, når de kan bevege seg i det hele tatt. De er sårbare for organismer som kan overvinne deres forsvar og er bytte for mange arter av skilpadder, fisk og hvirvelløse dyr. Svamper kan delvis dra nytte av predasjon, men som fragmenter av svamp etterlatt av rovdyr kan ofte overleve og re-etablere seg som uavhengige organismer. Deres ekstremt enkle organisasjon på cellenivå betyr at de ofte kan overleve selv alvorlig skade forårsaket av rovdyr eller miljøeffekter.