Først vil jeg forklare hvorfor de to typer bakterier heter som de er. Opprinnelig ble bakterier sett på som en hovedgruppe av organismer. Den andre hovedgruppen av organismer er eukaryoter, som omfatter alle dyr, planter, sopp og alle encellede organismer som har en kjerne. Men Da Carl Woese undersøkte deres oversettelsesapparat, fant Han at en gruppe bakterier, som han kalte «archaebacteria», har et oversettelsessystem som er mer relatert til det eukaryotiske oversettelsessystemet enn det som finnes i resten av bakteriene. Det var da naturlig å betegne resten av bakteriene, at han antok å være mindre relatert til eukaryoter, som «sanne bakterier». Han introduserte også en annen navngivning for de tre gruppene, som han kalte «domener»: Archaea, Bakterier og Eukarya.
for å bedømme hva som er mer eller mindre primitivt, det vil si hva som dukket opp først, bør vi se på konstitueringen av de ulike systemene, som for eksempel genetikken, for eksempel i oversettelsessystemet og det metabolske apparatet. Vi bør da forholde seg til teoriene for opprinnelsen til cellulære systemer. Som Woese fant, viste genetikken i oversettelsesapparatet at archaebacteria har et mer avansert oversettelsessystem. Dette bør indikere at de er nyere enn de andre bakteriene. Men Woese lanserte sin egen» progenote «- teori for opprinnelsen til cellulære systemer, der han konkluderte med at alle de tre formene oppsto samtidig, gjennom en prosess med «krystallisering».
når vi ser på det metabolske systemet til de to typer bakterier, ser vi at mange av eubakteriene har et mye mer avansert system. De har tilpasset seg oksygen på en måte som bruker den til energiproduksjonen, akkurat som eukaryotene gjør, ved hjelp av mitokondrier, eller de har tilpasset seg den ekstremt vanskelige måten å oppnå hydrogen i den moderne oksiske verden. De bruker sollys og trekker ut hydrogen fra vann, akkurat som plantene gjør ved å bruke kloroplaster.
så det vi kan si er at noen av eubakteriene viser tilpasning til moderne forhold. Men det betyr ikke at eubakterier generelt er mindre primitive. Det er mange anaerobe eubakterier, som bruker mye mer primitiv, fermenterende metabolisme. Så vi kan konkludere med at eubakteriene er mer primitive enn archaebakterier, som bruker et mer avansert metabolsk system. Archaebacteria oppnår vanligvis energi ved å redusere karbondioksid til metan. Denne prosessen er mulig når fritt hydrogen er tilgjengelig. Disse organismene er derfor obligatoriske anaerober, men har fortsatt et mer avansert metabolsk system enn fermenterende eubakterier.
misforståelsen om at eubakterier er generelt er av nyere dato enn archaebacteria stammer fra en populær teori for opprinnelsen til eukaryoter. I endosymbioseteorien antas eukaryotkjernen å være et archaebacterium som har utviklet seg i ekstrem fart for å bli det ekstremt mer komplekse kontrollorganet til eukaryoten. Organellene, eller mer presist to av organellene antas å være eubakterier som har gått inn i en primitiv eukaryot for å gi dem et mye mer effektivt metabolsk system i den moderne oksiske verden. Endosymbioseteorien har imidlertid mange problemer (som ikke eksisterer I OET), og det er absolutt falskt. I alle fall gir det ingen forklaring på opprinnelsen til bakterier. The Organelle Escape Theory forklarer hvordan bakterier oppsto, og det forklarer også opprinnelsen til alle organeller. Eukaryote Expansion Theory gir en mye bedre forklaring på opprinnelsen til eukaryoter fra RNA-verdenen.