alligatoren tilpasser seg sitt miljø ved å stole på sitt kamuflerte skjul, posisjonen til øynene og neseborene, evnen til ørene til å lukke og dets spesialiserte organer. Både alligatorens lunger og hjerte er tilpasset lange perioder med tid brukt nedsenket i vannet.
en av alligatorens tilpasninger for miljøet ligger i de spesialiserte lungene og hjertet som gjør det mulig å holde seg trygt nedsenket i vannet. Lungene er bevoktet av en struktur som forhindrer vann i å komme inn i dem selv når munnen er åpen. Hjertet er i stand til å skille oksygenert og deoksygenert blod og sende det oksygenrike blodet til hjernen slik at alligatoren kan holde seg under vann i lange perioder.
alligatorens øyne, nese og ører er også tilpasset sitt vannrike miljø. Både neseborene og øynene ligger på toppen av hodet, slik at det kan holde seg nesten helt nedsenket og fortsatt puste gjennom neseborene. Når øynene er nedsenket, beskytter en membran dem og gjør det mulig for alligatoren å se.
En annen tilpasning er alligatorens skjul. Den grå fargen og knottene og støtene på kroppen gjør det mulig å blande seg med omgivelsene, og gir ofte alligatoren utseendet til en logg og lar den snike seg på byttedyr.